29 октября 1611 г. король провел в Варшаве триумф по образцу римских императоров. Через весь город в королевский замок проследовала пышная процессия, во главе которой ехал гетман Жолкевский. За ним следовало рыцарство. В открытой карете, запряженной шестеркой лошадей, сидел бывший московский царь Василий Шуйский, одетый в белую парчовую ферязь и меховую шапку. Этот седой старик смотрел сурово исподлобья. Напротив Василия сидели два его брата, а посередине — пристав. Братьев Шуйских вывели из кареты и подвели к королю. Они низко поклонились, держа шапки в руках. Жолкевский произнес длинную речь об изменчивости счастья, о мужестве короля, восхвалял его подвиги — взятие Смоленска и Москвы, поговорил о могуществе московских царей, последний из которых теперь стоял перед королем и бил челом. Тут Василий Шуйский, низко склонив голову, дотронулся правой рукой до земли и потом поцеловал эту руку; Дмитрий Шуйский поклонился до самой земли, а младший брат Иван трижды поклонился и заплакал. Жолкевский продолжал свою речь. Он говорил, что вручает братьев Шуйских королю не как пленников, но для примера счастья человеческого и просил отнестись к ним благосклонно. И братья Шуйские в ответ опять низко кланялись. Когда гетман закончил речь, Шуйских допустили к королевской руке. По словам современников, это было великое зрелище, вызывающее удивление и жалость. Тут в толпе панов послышались голоса, требовавшие отомстить Шуйскому как виновнику смерти многих поляков. Юрий Мнишек требовал мести за свою дочь. Братьев Шуйских заключили в Гостынском замке в нескольких верстах от Варшавы.
Василия Шуйского поляки держали в тесной камере над воротами замка. К нему не допускали ни братьев, ни русских слуг. Дмитрий Шуйский жил в каменном нижнем помещении.
12 сентября 1612 г. Василий умер, пять дней спустя умер его брат Дмитрий. Поляки объявили, что князья Шуйские умерли естественной смертью. Однако факты говорят об умышленном убийстве братьев. Василию Шуйскому едва исполнилось 60 лет, а Дмитрий был на несколько лет его моложе. Тела покойных похоронили тайно, и никто не знал, где находятся их могилы.
Младшего брата Ивана поляки пощадили, он говорил позже: «Мне вместо смерти наияснейший король жизнь дал». Ивана Шуйского ждала судьба таинственного узника. Он должен был забыть свое имя и происхождение. Отныне он звался Иваном Левиным. Расходы на его содержание составляли три рубля в месяц, имевшиеся при нем дорогие вещи были отобраны в королевскую казну.
Слухи об убийстве братьев Шуйских достигли России. Московские летописцы нисколько не сомневались, что братья Шуйские погибли в Литве «нужной» (насильственной) смертью.
В 1619 г. князь Иван Иванович Шуйский при обмене пленных возвратился в Россию. Там он вступил в брак с княжной Марфой Владимировной Долгоруковой, родной сестрой первой жены царя Михаила Федоровича. Увы, его брак, как и у его братьев Василия и Дмитрия, был бездетным. Иван занимал довольно видное место при дворе и заведовал Московским судным приказом. За что-то он получил прозвище Пуговка. Умер И.И. Шуйский в 1638 г. На нем пресекся знатный род Шуйских.
Останки царя Василия, его жены и брата в 1620 г. были перевезены в Варшаву и торжественно погребены в католической часовне. На месте этой часовни игрою случая в XIX веке была построена православная церковь. В 1635 г. после заключения Поляновского мира король Владислав отослал останки Василия, его жены и брата в Москву. Там Василий и Дмитрий Шуйские были окончательно погребены в усыпальнице московских правителей — Архангельском соборе.
Взятие Смоленска и триумф короля в Варшаве убедили подавляющее большинство панства, что Москва окончательно покорена. Коронный вице-канцлер Феликс Крыский заявил в Варшаве: «Глава государства и все государство, государь и его столица, армия и ее начальники — все в руках короля».
Однако победа не только не способствовала усилению королевской власти в Польше, наоборот, участники недавно подавленного рокоша Гербут, Стадницкий и другие начали готовить очередной мятеж. Они вошли в переписку с Гавриилом Баторием, племянником знаменитого польского короля Стефана Батория, и пригласили его занять польский престол.