Советское летнее наступление в Прибалтике и выход из войны Финляндии послужили причиной для выделения из состава батальона 292 человек. Эта группа десантников была подчинена морскому командованию в Готенхафене на побережье Балтийского моря. 29 июня 1944 года батальон был переброшен с Балкан на Восточный фронт. Его личный состав планировалось использовать как десант для высадки на остров Ааланд, но ко времени прибытия батальона на фронт обстановка изменилась и план захвата острова был отменен. Батальон был переведен под Нарву в состав 3-го танкового корпуса СС. Здесь десантники также не задержались и были переброшены из Раквере в Каунас, на северный фланг группы армий «Центр». После прибытия в район боевых действий 3-й танковой армии генерала Хассо фон Мантейфеля батальон был придан 39-му танковому корпусу и действовал в составе боевой группы вместе с 1-м танковым полком «Гроссдойчланд», основной задачей которого был прорыв к окруженному 11-му армейскому корпусу в Вильнюс. Парашютисты СС использовались в качестве танкового десанта в атаках на шоссе Каунас — Вильнюс. Позднее они сдерживали танковый прорыв на Вильнюс с юго-востока. Тяжелые бои на подступах к литовской столице, в которых участвовал батальон, позволили немцам в относительном порядке эвакуировать войска из города. Парашютисты СС принимали участие в боях у местечка Расейняй, северо-западнее Каунаса. В ходе боев батальон понес большие потери, и его численность дошла до 90 человек. После нескольких дней отдыха в сентябре 1944 года батальон вновь вступил в полосу боев, в качестве усиления «Гроссдойчланда» и 39-го танкового корпуса. Последний бой 500-го батальона состоялся на Восточном фронте в начале октября в районе города Мемеля (Клайпеда).
Здесь совместно с частями 7-й танковой дивизии парашютисты СС предприняли попытку остановить советское наступление. После этого остатки батальона были выведены с фронта и направлены в город Цихенау в Восточную Пруссию. Позднее подразделение было переброшено в район города Дойч Ваграм в Австрии, затем соединилось с запасной ротой батальона. На базе этого людского состава был сформирован новый 600-й парашютно-десантный батальон СС.
15 октября 1944 года часть личного состава 600-го батальона вместе с Отто Скорцени участвовала в операции «Панцерфауст», в результате которой венгерский регент адмирал М. Хорти был смещен, а Венгрия осталась союзником рейха. После завершения операции личный состав был направлен в город Нойштрелиц, где продолжал курс обучения. Здесь батальон был пополнен чинами вермахта и ВМФ, и его общая численность достигла 1 тысячи военнослужащих. Часть личного состава батальона была использована Скорцени в костюмированной операции «Грейф», разработанной против наступающих американских войск. После Арденн батальон был использован на Одерском участке Восточного фронта, в районе Шведт-Цеден вел в течение трех недель боевые действия против наступающих частей Советской армии до 1 апреля 1945 года. В связи с большими потерями и изменившейся обстановкой остатки батальона были отведены с передовой в Северную Германию.
Огромные потери были возмещены включением в состав батальона добровольцев из учебных школ СС и выздоравливающих военнослужащих. Батальон был полностью восстановлен в своей прежней численности и был едва ли не единственной полнокровной частью, оборонявшей город Нойруппин. Здесь батальон был практически раздавлен советскими танками, и в живых от прежней тысячи добровольцев осталось всего 30 человек.
На последнем этапе войны батальон, следуя за своим шефом Скорцени, был подчинен его Истребительному соединению войск СС. Обстрелянный и опытный личный состав использовался в качестве инструкторов при обучении агентов-новичков и при выполнении особо ответственных и секретных заданий.
Помимо 500-го/600-го десантного батальона СС, в системе немецких сил специального назначения находился отряд боевых пловцов и подрывников.
Имя вышеупомянутого полковника Бульбы-Боровца стоит особняком в ряду украинских националистов, сотрудничавших с гитлеровцами. Это не была последовательная коллаборация в чистом виде a la Каминский, ибо Боровец заручался поддержкой гитлеровцев только тогда, когда ему это было выгодно, и прежде всего для борьбы с советским партизанским движением. Истории было выгодно распорядиться так, что все начинания атамана Боровца встречались в штыки его противниками, количеству которых мог бы позавидовать батька Махно.