Одним из факторов дезинтеграции являются межорганизационные отношения, которые постоянно находятся в развитии и имеют тенденцию отклоняться то в сторону синергии, то в сторону конфликтов. Управление цепями поставок всегда будет оставаться управлением компромиссов, нахождением баланса интересов компаний-партнеров. Следовательно, логистическая интеграция ограничена экономическими реалиями, которые в данном случае выступают как дезинтеграционные процессы.