Отдел регистрации иностранных агентов был одним из важнейших в министерстве и фактически, как уже говорилось, являлся структурным подразделением ФБР. Дело в том, что, согласно американским законам все иностранные дипломаты, бизнесмены и т. д., приезжающие в США, должны были регистрироваться в этом отделе, благодаря чему ФБР могло идентифицировать подозреваемых в шпионаже иностранных граждан. Что касается Коплон, то на новой должности она получила доступ ко многим важным документам, в том числе — к секретным отчетам и докладам ФБР.
Как и на прежнем месте, работа Коплон в отделе регистрации оценивалась очень высоко. Так, в феврале 1946 года начальник отдела Джесс Макнайт при очередной аттестации положительно охарактеризовал ее, отметив, что она «проявила себя как способный, трудолюбивый и умный исследователь… Прекрасно владеет французским языком, хорошо знает немецкий и русский». Но, как выяснилось позднее, к этому времени Коплон также работала и на советскую внешнюю разведку.
Когда произошла вербовка Коплон, доподлинно неизвестно. Вероятно, на нее обратили внимание еще во время обучения в колледже, где она активно выступала в поддержку СССР. Но завербовали ее, скорее всего, после того, как она стала работником министерства юстиции и получила доступ к информации о находящихся под подозрением у ФБР советских гражданах. В это же время оператором Коплон становится Валентин Губичев.
Губичев родился в 1916 году в Орле. Позднее он учился в Московском инженерно-строительном институте, после окончания которого был направлен в органы госбезопасности, где начал службу во внешней разведке. В июле 1946 года Губичев был командирован в Нью-Йорк в составе советской делегации в ООН в качестве третьего секретаря. Для того чтобы обеспечить ему «крышу», в его официальной биографии значилась работа в министерстве строительства СССР, руководство уральским строительным трестом и работа в министерстве иностранных дел СССР.
Впрочем, когда СССР была выделена квота в штате Секретариата ООН, Губичев в сентябре 1946 года перешел из советского представительства в штат ООН в отдел архитектуры в качестве гражданского инженера. Его основной работой стало проектирование нового здания для штаб-квартиры ООН на Ист-Ривер, строительство которого уже близилось к завершению. Здесь нелишне будет отметить, что генеральный секретарь ООН Трюгве Ли публично называл Губичева одним из выдающихся проектировщиков и конструкторов нового комплекса ООН. В Нью-Йорк Губичев приехал вместе с женой Лидией и дочерью. Однако в августе 1948 года он отправил дочь в Москву в связи с тем, что ей пришло время идти в школу.
Контакты Губичева с Коплон происходили не чаще чем раз в месяц во время еженедельных поездок Джудит в Нью-Йорк, которые она совершала для того, чтобы навестить своих родителей и друзей. Обычно они встречались либо на улице, либо в небольших кафе, и Коплон передавала своему куратору пачку документов, чаще всего отчетов ФБР относительно советских граждан, попавших под подозрение в шпионаже. Все остальное время Губичев отдавал работе по прикрытию, благодаря чему ни разу не попал под подозрение американской контрразведки.
Провал Коплон произошел в конце 1948 года, но вины Джудит или Губичева в нем нет. Причиной его стала та атмосфера подозрительности и шпиономании, которая с подачи директора ФБР Гувера охватила США после окончания Второй мировой войны. Еще в 1945 году Гувер направил президенту США Г. Трумэну меморандум, в котором нарисовал пугающую картину проникновения «подрывных и нелояльных элементов» в правительство Соединенных Штатов. По утверждению шефа ФБР, безнаказанность, с которой они действуют, создает «серьезную угрозу национальной безопасности и оказывает опасное влияние на правительственную политику в пользу иностранных государств».
Трумэн полностью согласился с выводами Гувера, после чего созданная в январе 1945 года постоянная Комиссия по расследованию антиамериканской деятельности (КРАД) палаты представителей конгресса США резко активизировала свою деятельность. КРАД была наделена полномочиями вызывать и допрашивать свидетелей и подозреваемых в антиамериканской деятельности, что превратило ее в бесконтрольный и чрезвычайно опасный для рядовых американцев репрессивный инструмент.
Так, в октябре 1947 года комиссия организовала расследование «подрывной» деятельности в Голливуде. Как писал по этому поводу известный американский публицист А. Кан расследование сразу же приняло «характер какой-то дикой фантасмагории. В зале была установлена целая батарея аппаратов для киносъемки и звукозаписи, которые фиксировали каждый жест и каждое слово свидетелей и членов комиссии, а также специальное оборудование для передачи заседаний по радио и по телевизионной сети… Председатель Томас то и дело прерывал заседание, чтобы кинооператоры могли заснять особенно драматические моменты».