Третье издание вышло в апреле 1861 года. Всего их выйдет шесть, и каждое следующее будет содержать больше изменений, чем предыдущее. Исследователь М. Пэкхэм подсчитал: «Из 3878 фраз первого издания 75 процентов переписаны от одного до пяти раз. Было добавлено более 1500 предложений, около 325 было вычеркнуто. Всего существует около 7500 вариантов оригинальных и внесенных позднее предложений. Шестое издание из-за дополнений на треть длиннее первого». В третьем издании появился «Исторический обзор» — рассказ о «предшественниках». Автор разъяснил термин «естественный отбор»: некоторые решили, что отбор — коль его несколько раз назвали «силой» — является причиной изменений. Это не так: закон отбора всего лишь регулирует, каким особенностям продолжиться, каким угаснуть со смертью их обладателей. «В буквальном смысле слова "естественный отбор", без сомнения, неправильный термин[26]; но кто же возражал против употребления химиками выражения "избирательное сродство различных элементов"? И тем не менее нельзя же, строго говоря, допустить, что кислота выбирает основание, с которым предпочтительно соединяется». «Под словом "Природа" я разумею только совокупное действие и результат многих естественных законов, а под словом "законы" — доказанную нами последовательность явлений».
Он добавил рассуждений о «скачках» и постепенности: бывает и так и эдак. Коснулся нелюбимого им понятия прогресса: «Натуралисты до сих пор не предложили приемлемого определения того, что значит повышение организации. У позвоночных принимаются во внимание степень умственных способностей и приближение к строению человека». Трудно сказать, есть ли общая тенденция к прогрессу, поскольку до сих пор живут амебы и прочие низкоорганизованные существа: «Естественный отбор не заключает в себе неизбежного прогрессивного развития, он только использует такие изменения, которые возникают и оказываются полезными для каждого живого существа в сложных условиях его жизни. А спрашивается, какую пользу… могли бы извлечь из более высокой организации инфузория, глист или червь?» Другие могут усложняться, но если они не вступают в конкуренцию с инфузориями, те могут сидеть в своей уютной нише сколь угодно долго и остаться неизменными.
В Америке тоже готовилось новое издание «Происхождения видов», Грей издал брошюрой свои статьи о естественном отборе, Дарвин выкупил тираж и разослал знакомым, включая Уилберфорса: в отличие от большинства пишущих людей он любил, когда кто-нибудь растолковывал его идеи. Преподобный Кинглси поделился гипотезой: все говорят, что нет «переходных звеньев» от животного к человеку. «Хотя мы отрицаем их существование, легенды всех народов полны упоминаниями о них: Фавны, Сатиры, Эльфы… Нам с Вами очевидно, что они были побеждены белой расой в ходе естественного отбора». Дарвин, вероятно, схватился за голову, но ответил, что мысль «чрезвычайно интересная»; лично для него вопрос генеалогии человека, «великий и почти ужасный», не так уж труден, ибо он видел дикарей Огненной Земли: «Мысль, что мои предки были подобными существами, была более отвратительной, чем мое теперешнее убеждение, что несравнимо более отдаленный предок был животным. Обезьяны бывают добры, по крайней мере иногда…» Лайелю, 23 сентября 1860 года: «Человеческие расы до такой степени ближе друг к другу, чем к любой обезьяне, что… я рассматривал бы все расы как произошедшие от единого предка. Я считал бы вероятным, что расы прежде меньше отличались друг от друга, чем теперь, разве что какая-то сильно уклонившаяся и отсталая раса вымерла… Человек сдерживает любого нового человека, который мог бы развиться… Белый человек стирает с лица земли расы, почти равные ему». Друзьям он говорил, что собрал достаточно материала для «небольшого эссе» о человеке, но боится нападок, пусть пишут другие.