Он объяснил, как связаны конкуренция и дивергенция: «Конкуренция всего упорнее между формами, наиболее близкими по строению, конституции и образу жизни. Отсюда склонность к исчезновению будут иметь все промежуточные формы». Отметил, что выгодно быть разнообразным: «Чем больше разнообразия в строении, общем складе и привычках приобретают потомки какого-нибудь вида, тем легче они смогут завладеть разнообразными местами в экономии природы, а следовательно, тем легче они будут увеличиваться в числе». Описал вымирание видов: они постепенно уступают место своим более специализированным потомкам. Нарисовал Древо: «Много более или менее крупных ветвей засохло и обвалилось; эти упавшие ветви различной величины представляют собой отряды, семейства и роды, не имеющие в настоящее время живых представителей… Кое-где, в развилине между старыми ветвями, пробивается тощий побег, уцелевший благодаря случайности и еще зеленый на своей верхушке… Как почки в процессе роста дают начало новым почкам, а эти, если только сильны, разветвляются и заглушают многие слабые ветви, так, полагаю, было и с великим Древом Жизни, наполнившим опавшими сучьями кору земли и покрывшим ее поверхность вечно расходящимися и прекрасными ветвями».
Пятая глава: «Законы вариации». Конечно, вариации (мутации) не беспричинны, но причин их мы пока не знаем. Могут внешние условия их вызывать, может «упражнение», например, в случае со слепыми подземными животными: «Так как трудно предположить, чтобы глаза, хотя бы и бесполезные, могли оказаться так или иначе вредными для организмов, живущих в темноте, то их потерю следует приписать неупотреблению». В той же главе — о «реверсии» и атавизмах, когда «ни с того ни с сего» рождается индивид с признаками, каких нет у обозримых предков, например, человек, сплошь покрытый волосами: тоже пока не знаем почему, просто «эта тенденция по неизвестным причинам иногда преобладает». И атавизмы, и «реверсия» для Дарвина пока лишь доказательства происхождения от древнего предка: раз организм «возвращается», значит, есть к кому. (Сейчас мы знаем, откуда берутся атавизмы: гены, отвечающие за признак, сохранились, но не работают и лишь изредка, из-за мутаций или экстремального воздействия на эмбрион, «включаются». Птицы беззубы, но произошли от зубастых предков, и у куриного зародыша можно вызвать нарушение развития, при котором у него сформируются зачатки зубов.)
Глава шестая: «Трудности теории». Почему мы не видим «переходных звеньев», например, от динозавров к птицам? Просто пока не нашли. Ископаемые находки редки. Тут надо оговориться, что большинство из нас неверно понимает, что такое «переходное звено». Никаких «переходных звеньев» между нами и шимпанзе нет (пять-шесть миллионов лет назад мы дивергировали — разошлись, как зубцы вилки, и не соприкасаемся), как нет их между вами и вашим двоюродным братом. Вас с ним связывает общий дедушка. Вот между вами и дедушкой, а также вашим кузеном и дедушкой переходные звенья есть — ваши и его родители. Таковых и ищут палеонтологи. Это трудно. Чаще попадается что-нибудь твердое: окаменевшие кости, раковины. Иногда — отпечатки следов. Редко находят целое животное, замороженное во льду или влипшее в янтарь. И все же нашли уже столько, сколько Дарвину и не снилось, так что, когда вы читаете в какой-нибудь газете, что переходных звеньев не найдено, это означает, что автор никогда не заглядывал в справочники. Обнаружены и звенья, соединяющие крупные группы: в 2008 году в Техасе нашли скелет существа
Следующую упомянутую Дарвином «трудность теории» мы уже разбирали — как образовался глаз. Он привел также пример с белками: «Не вижу трудности, особенно при меняющихся условиях, в том, чтобы сохранялись особи со все более развитыми боковыми перепонками, что каждая модификация в этом направлении полезна и получала распространение до тех пор, пока кумулированием результатов процесса естественного отбора не образовалась бы вполне совершенная летучая белка». Сейчас родословная летяг изучена: они «отпочковались» от предковой белки 20 миллионов лет назад.