В это время Ли оставался в Нью-Йорке, присматривая за его укреплениями и с тоской слушая то, что он описывал как "заточку мечей [и] скрежет штыков". * По словам Фримена, "если бы его оставили в форте Гамильтон, он мог бы смириться с уверенностью, что состарится, не замеченный в корпусе, который наверняка отдаст предпочтение инженерам, отличившимся на войне. Они получат славу, а он - тапочки и старость на крыльце в Арлингтоне". Именно такой перспективы боялся Ли. Времена, когда он мог обратиться за помощью к своему бывшему наставнику и другу генералу Гратиоту, давно прошли, и не было никого, к кому он мог бы обратиться за боевым назначением; три месяца он ждал, прощаясь с офицерами не более способными, чем он сам, которые получили приказ отправиться в Мексику. Наконец, 19 августа 1846 года Ли получил собственный приказ немедленно отправиться в Сан-Антонио-де-Бексар в Техасе (так тогда еще назывался Сан-Антонио) и явиться к бригадному генералу Джону Э. Вулу, чье имя впоследствии будет носить форт Калхун (бывший Рип-Рапс), рукотворный остров, на строительство которого Ли потратил столько времени и сил в Хэмптон-Роудс. Ли написал завещание, собрал вещи и отплыл в Новый Орлеан на первом попавшемся пароходе, даже не задержавшись, чтобы попрощаться с семьей. 21 сентября он был в Сан-Антонио, чуть больше месяца спустя после отъезда из форта Гамильтон - быстрое путешествие для того времени. Большая часть этого путешествия была трудной. Он написал Мэри сразу же по прибытии в Сан-Антонио: "Я добрался сюда вчера вечером, моя дорогая Мэри, после шестидневного путешествия из Порт-Сарассы. В первый день из-за невыносимой жары в прериях ... ...мы * смогли пройти только 12 миль, где разбили лагерь у маленькой бухты, в которой было достаточно воды для наших лошадей и самих себя, горячей и низкого качества. Мне так понравились мухи прерий, что я решил путешествовать по ночам, пока нахожусь в этом регионе, и отправился в путь на следующее утро до 4 часов утра".
Ли приближалось к сорока, он был еще капитаном, и за двадцать один год службы в армии США ему еще не довелось услышать ни одного выстрела в гневе. Он был счастлив, что наконец-то может приступить к настоящей службе, хотя его первоначальной задачей было собрать кирки и лопаты, которые понадобятся его рабочей силе, - нелегкая задача в обнищавшей стране, где даже самые необходимые инструменты было трудно достать. Сан-Антонио был маленьким причудливым городком с населением около 2000 человек, в основном мексиканцев, поглощенных 3400 американскими солдатами, которые теперь стояли там лагерем. Ли посетил Аламо, на котором все еще виднелись следы двадцатидневной осады, и в свободные от службы минуты "купался" в "чистой и быстрой" воде реки Сан-Антонио, куда он приходил либо очень рано, либо поздно, чтобы "его не прерывали сеньоры и сеньориты". Он восхищался пейзажами, но находил мексиканцев "приятным, но слабым народом... примитивным в своих привычках и вкусах".
Огромные размеры Мексики в сочетании с небольшим количеством американских войск делали быструю войну маловероятной. Одни только расстояния, которые приходилось преодолевать, были пугающими. Бригадный генерал Стивен Керни, например, отправился из форта Ливенворт, расположенного к западу от Миссури, проделал путь до Санта-Фе, а оттуда продолжил путь в Калифорнию - более 1500 миль. Тем временем кавалерийский отряд, который он отправил на юг из Нью-Мексико под командованием полковника Александра Донифана в Сальтильо (Мексика), совершил "один из самых замечательных маршей в военной истории", преодолев в общей сложности 3500 миль, причем большую часть пути он прошел по пересеченной пустынной местности, несмотря на несколько нападений апачей и команчей на его колонну.
Можно было бы ожидать, что мексиканцы падут духом от того, что всего лишь горстка американских войск без серьезных проблем захватила и аннексировала Нью-Мексико и Калифорнию, но это недооценило бы силу мексиканского негодования по поводу потери Техаса и удивительную решимость Санта-Анны, который понимал, как важно в войне обменять пространство на время. Чем дальше американские войска продвигались в бесплодные просторы Мексики, тем более тонкими и уязвимыми неизбежно становились их линии снабжения, и без того затрудненные примитивными или вовсе отсутствующими дорогами, и тем больше было возможностей нанести им оглушительное поражение еще до того, как они достигнут Мехико.