После недолгих раздумий и с несколько вялого согласия Мэри Ли, которая чувствовала, что отдаляется от своих друзей, 24 августа Ли написал попечителям письмо, в котором сообщил, что согласен на пост президента, если только они не сочтут, что его исключение из амнистии 29 мая и тот факт, что он был "объектом порицания части страны", делают его непригодным для этой должности. Попечители не сочли ничего подобного, и 1 сентября объявили, что новым президентом Вашингтонского колледжа стал генерал Роберт Э. Ли. 15 сентября он в одиночку отправился в Лексингтон на "Тревеллере", его багаж следовал за ним по каналу. "Он предпочитает этот путь, - написала миссис Ли подруге за день до отъезда, - и, кроме того, не любит расставаться даже на время со своим любимым конем, спутником многих тяжелых сражений".
В жизни Ли начиналась новая глава, на этот раз в качестве педагога и администратора колледжа и, что еще важнее, в качестве символа желания "помочь в восстановлении мира и гармонии", как он написал в своем письме о приеме, "и ни в коем случае не противостоять политике правительства штата или генералитета, направленной на эту цель". Для бывшего главнокомандующего армией Конфедерации, сдавшего свою армию в плен менее шести месяцев назад, это был смелый шаг. До сих пор он старался держаться так, как мы бы сейчас назвали, в тени, но его стремительное превращение в президента колледжа, которому поручено обучение молодых людей, вызвало гневную критику на Севере и опасения, что его ученики будут воспитываться как бунтари. Конечно, это было недооценкой искренней решимости Ли "подать им пример подчинения власти". До конца жизни ему предстояло добиваться сложного баланса между убежденностью в необходимости подчиняться федеральной власти и непревзойденным престижем самого почитаемого военного деятеля Конфедерации.
Президентский дом в Вашингтонском колледже, где когда-то жил Стоунволл Джексон, женившись на дочери тогдашнего президента, был частично занят и нуждался в ремонте. Прибыв в Лексингтон, Ли с трудом избежал толпы поклонников - что неудивительно, ведь он все еще был одет в свой старый серый мундир Конфедерации и ездил на Тревеллере, к тому времени почти таком же знаменитом, как и его владелец. Он провел некоторое время на одном из близлежащих горячих источников, окружающих Лексингтон, и вернулся только 30 сентября; тогда он поселился в гостинице. Несмотря на все усилия ускорить работы по строительству дома, он был готов к заселению Ли только в начале декабря. У них не было собственного дома с 1861 года, а их мебель и имущество были разбросаны. Ли удалось вернуть ковры из Арлингтона; они были спасены и хранились в Тюдор-Плейс, на другом берегу Потомака в Джорджтаун-Хайтс, миссис Бриттанией Питер Киннон, дальней родственницей, которая была потомком Джорджа Вашингтона. Хотя они были слишком большими, даже с загнутыми назад краями, для комнат "Президентской резиденции на Колледж-Хилл", они, по крайней мере, создавали ощущение роскоши и слабое напоминание об Арлингтоне. Миссис Кок предоставила часть мебели, а один из поклонников - пианино. Семейное серебро Ли, которое было предусмотрительно отправлено в Лексингтон на хранение и захоронено, вскоре было раскопано и тщательно очищено, и 2 декабря Мэри Ли в сопровождении Роба и Милдред (Агнес была в Ричмонде) прибыла к мужу, проделав путь от Окленда до Лексингтона на лодке по каналу. К этому времени она была прикована к своему "креслу-каталке", но, судя по всему, она сразу же взяла на себя управление хозяйством, а заодно и мужем.