Макклеллан медленно и неохотно осознавал опасность, грозившую Портеру у Гейнс Милл, и даже не приближался к полю боя; он оставался в своем штабе к югу от Чикахомини, прислушиваясь к звукам битвы и организуя огромную и утомительную переброску запасов и артиллерии своей армии от реки Йорк к реке Джеймс. Он ограничился отправкой бодрых, поддерживающих сообщений Портеру, но не пытался перебросить ему значительные подкрепления, хотя это было бы легко сделать. Тем же вечером он написал депешу военному министру Стэнтону, в которой возложил всю вину за свое поражение на Стэнтона и Линкольна. "Я проиграл это сражение, потому что мои силы были слишком малы. Я еще раз повторяю, что не несу за это ответственности, и говорю это с искренностью генерала, который чувствует в своем сердце потерю каждого храбреца, которого без нужды принесли в жертву. . . . Я видел слишком много убитых и раненых товарищей, чтобы чувствовать иначе, чем то, что правительство не поддержало эту армию. Если вы не сделаете этого сейчас, игра будет проиграна. Если я спасу эту армию сейчас, то скажу вам прямо, что я не должен благодарить ни вас, ни других лиц в Вашингтоне - вы сделали все возможное, чтобы пожертвовать этой армией". Макклеллан был настолько яростен, что его последнее предложение было удалено, прежде чем письмо было показано Стэнтону и Линкольну. Макклеллан догадывался, что это может произойти, и на следующий день передал письмо в прессу в целости и сохранности. Тона остальной части письма было достаточно, чтобы предупредить военного секретаря и президента о серьезном кризисе в Потомакской армии и, возможно, заставить их усомниться в здравомыслии ее командующего. С похвальной сдержанностью Линкольн попытался на следующий день успокоить Макклеллана дозой здравого смысла, посоветовав ему "во что бы то ни стало сохранить свою армию". Предсказав всего за несколько дней до этого, что он будет в Ричмонде в любой момент, Макклеллан теперь даже не был уверен, что еще может спасти свою армию, и цеплялся за иллюзию, что его превосходят в численности два к одному. Очевидно, его убедили донесения союзного разведчика Аллана Пинкертона о том, что в Ричмонде находилось не менее 180 000 солдат Конфедерации и что "все силы Джексона оцениваются в двести двадцать тысяч - двести шестьдесят тысяч", тогда как на самом деле у Ли было всего 37 000 человек у Гейнс-Милл, а линии вокруг Ричмонда удерживали всего две недоукомплектованные дивизии.
Рано утром 28 июня Ли отправил Дж. Э. Б. Стюарта в направлении Уайтхауса и Вест-Пойнта, чтобы захватить базы, которые Макклеллан разместил в этих городах, но Макклеллан уже занимался переносом или уничтожением своих запасов там, не сообщив об этом Вашингтону. Генерал Конфедерации Ричард Тейлор дает наглядное описание масштабов разрушений: "Было слышно, как приближается поезд... . . Набирая скорость, он помчался дальше и быстро вышел из леса, два локомотива тянули за собой длинную вереницу повозок. Достигнув моста, паровоз взорвался с ужасающим шумом, за ним последовали взрывы вагонов, груженных боеприпасами. Снаряды рвались во всех направлениях, река превратилась в пену, деревья были вырваны на целые акры вокруг. . . . Враг воспользовался этим способом уничтожения излишков боеприпасов".
На следующий день после Мельницы Гейнса младший сын Ли, Робби, бросивший университет и записавшийся в армию Конфедерации, несмотря на запреты отца, и служивший рядовым артиллеристом в армии Джексона, был "грубо разбужен товарищем, тыкавшим в меня своей губкой", когда он дремал под кессоном. Он вылез, пошатываясь, с лицом и руками, почерневшими от пороховых пятен, и оказался "лицом к лицу с генералом Ли и его штабом". Их свежие мундиры, яркое снаряжение и ухоженные лошади так сильно контрастировали с потрепанным войной видом нашего командования, что я был совершенно ошеломлен... но когда я увидел любящие глаза и улыбку отца, мне стало ясно, что он приехал проверить, в безопасности ли я, и спросить, как у меня дела".