Ликующие толпы приветствовали новость об отделении, но Ли по-прежнему считал правительство за рекой Потомак своим правительством, за создание которого боролся его собственный отец. "Я не могу осознать, - писал он кузине Мэри Ли Марки Уильямс всего четыре месяца назад, - что наш народ разрушит правительство, созданное кровью и мудростью наших отцов-патриотов, которое дало нам мир и процветание дома, власть и безопасность за границей и при котором мы приобрели колоссальную силу, не имеющую себе равных в истории человечества. Я не хотел бы жить ни при каком другом правительстве, и нет такой жертвы, которую я не готов принести ради сохранения Союза, кроме чести. . . . Я не желаю никакого другого флага, кроме "Звездно-полосатого знамени", и никакого другого воздуха, кроме "Слава Колумбии"". Честь и долг привели его к решению, которое он не приветствовал, и к будущему, которое должно было казаться глубоко неопределенным для офицера армии пятидесяти четырех лет, вся взрослая жизнь которого прошла в повиновении приказам начальства и призывах к повиновению подчиненных, а образцом для подражания с детства был Джордж Вашингтон.
Что бы сделал Ли, если бы Виргиния не отделилась? Трудно представить его сидящим дома полковником в отставке, пока бушевала война между Союзом и другими южными штатами, но он уже принял решение, что не будет участвовать ни в одном нападении Союза на Юг, а приняв решение, Ли не отступал от него. Его упрямство и несгибаемость целей были поразительны. Эти качества он разделял с отставным капитаном Улиссом С. Грантом, который тогда еще скромно упаковывал посылки в конюшенной мастерской своего отца в Галене, штат Иллинойс, и они сделали бы Ли грозным противником на поле боя.
Поздно вечером он сел за стол и написал короткое официальное заявление об отставке военному министру Кэмерону: "Имею честь подать заявление об отставке с поста полковника 1-го полка кавалерии". Легко представить, с какой болью Ли написал эти несколько строк, положив конец тридцатишестилетней карьере. Возможно, еще более болезненным было его более длинное письмо генералу Скотту, в котором он писал, что "никому, генерал, я не был так обязан, как вам, за неизменную доброту и внимание, и моим горячим желанием всегда было заслужить ваше одобрение", добавляя то, что стало частью его формулы: "Кроме как защищая свой родной штат, я никогда больше не желаю доставать меч". Это были не пустые слова. Ли не возьмет в руки оружие против Союза, пока Союз не возьмет в руки оружие против Вирджинии, что бы ни делали другие южные штаты. Закончив работу, он отнес письма вниз, чтобы показать их Мэри - она слышала, как он наверху падал на колени в молитве. Получив ее согласие, Ли первым делом утром отправил их гонцу. Руни и Кьюстис были в это время дома, и оба они были потрясены решением Вирджинии отделиться, а также решением их отца уйти из армии, которая, по словам одной из его дочерей, "была для него домом и страной".
Затем Ли вернулся к письменному столу, чтобы написать, без сомнения, самое трудное письмо - своей любимой сестре Анне Маршалл в Балтимор, зная, что она и ее муж были ярыми сторонниками Союза и не одобрят его поступок. "Я знаю, что ты будешь обвинять меня, - писал он, - но ты должна думать обо мне как можно добрее и верить, что я старался делать то, что считал правильным". Затем он написал своему брату Сиднею Смиту Ли, сообщив ему о своем решении, но не предложив Смиту последовать его примеру.
Сообщив о своем решении тем, кому он хотел сообщить, Ли терпеливо ждал развития событий. Терпение было еще одним из тех качеств, которые сделали его великим полководцем. Его самообладание было непоколебимым и вселяло уверенность даже в тех, кто в противном случае мог бы пасть духом. Ему достаточно было появиться в любой критической точке поля боя, чтобы вселить в людей свою храбрость. Это не было позой, спокойствие Ли, его "мраморный образ" и отказ от эмоций - все это отражение самого человека. У него не было ни желания, ни умения создавать образ; он был просто тем, кем казался. Вскоре он станет главным военным и политическим достоянием Конфедерации.