Его избрание вызвало громкий скандал. А. М. Бутлеров писал в 1882 году в статье «Русская или только императорская Академия наук?» «Бейльштейн бесспорно заслуженный трудолюбивый ученый, но отдавать ему в каком либо отношении первенство перед всеми другими русскими химиками могут только лица, не имеющие ясного понятия о том, как и чем меряются в химии ученые заслуги. Отводя в нашей науке этому Бейльштейну почетное место, вполне им заслуженное, нет надобности понижать для этого ученых, стоящих выше него».
Действительно, имея возможность судить с расстояния минувших десятилетий, мы не можем не признать правоту Бутлерова. Но досадная история почти вековой давности не должна в наших глазах умалять и заслуг Бейльштейна — человека, создавшего труд, которым и до сих пор пользуются химики органики всего мира.