Есть известия, согласно которым Пир-Мухаммад-султан был побежден Баки-Мухаммадом, сыном Тукайтимурида Джани-Мухаммада, захвачен в плен и убит в конце 1007/июне-июле 1599 г. и как раз Баки-Мухаммад-то и является первым ханом новой династии.
Согласно известиям других источников, когда преемник Шибанида Абдуллы, Абд-ал-Мумин-хан, был убит, трон был предложен Тукайтимуриду Джани-Мухаммаду. Он отказался в пользу своего сына Дин-Мухаммада, в жилах которого текла кровь и Тукайтимуридов, и Шибанидов. Однако Дин-Мухаммад не сумел установить власть над страной и в 1599 г. погиб в сражении с войсками шаха Ирана Аббаса I. Дин-Мухаммаду наследовал один из его братьев — Баки-Мухаммад-султан, которому удалось стабилизировать положение в стране и установить контроль над значительной частью бывшего обширного государства Шибанида Абдаллах-хана II и укрепиться в Бухаре.
Как бы то ни было, когда на рубеже XVI–XVII вв. в Бухаре произошла смена династий, то новая династия получила название
В связи с падением династии Шибанидов и приходом Аштарханидов значительно сократились пределы Бухарского ханства. Согласно автору «Бахр ал-асрар», при воцарении Аштарханидов государство было разделено всего лишь на шесть уделов: Бухара, Самарканд, Сагардж, Ура-Тюбе, Шахрисябз и Хузар. В XVII в. Ташкент, г. Туркестан, Сайрам, Андижан и ряд других культурных областей Западного Туркестана большей частью находились под властью казахских ханов и султанов.
Власть первых Аштарханидов, не имевших влияния на узбекские племена, была незначительна, к тому же она ослаблялась ожесточенной борьбой представителей этой династии между собой. Казахские ханы и султаны, пользуясь упадком политической мощи Бухары, не упускали случая извлечь для себя из этого выгоду. Они вторгались во владения Аштарханидов, опустошая своими набегами пограничные и центральные районы Мавераннахра, а иногда принимали участие в борьбе партий, то выступая против «бунтовщиков», то примыкая к последним и идя против «законного правителя». Порою ханы Казахских степей и ханы Бухары заключали союз между собой и, объединив военные силы, выступали против общего врага — ойратов (джунгаров), экспансия которых несла уже серьезную угрозу суверенитету и Казахского ханства, и государства Аштарханидов в Мавераннахре.
Столицей государства Аштарханидов, как и при Шибаниде Абдулле II, была Бухара; довольно велико было значение г. Балха, который являлся резиденцией наследного принца, а иногда вместе с округой становился независимым от Бухары княжеством[176].
После смерти в 1605 г. Баки-Мухаммад-хана на бухарский престол был возведен его брат, балхский наместник Вали-Мухаммад-султан (1605–1611). Вскоре в Бухаре был составлен заговор против Вали-Мухаммада; хан обратился за помощью к Сефевиду Шаху Аббасу, получил от него помощь, но был разбит, захвачен в плен и казнен. Бухарская знать посадила на трон племянника казненного хана Имам-Кули-султана (1611–1642).
В борьбе с Вали-Мухаммад-ханом и кызылбашами Ирана Имам-Кули-хану существенную помощь оказали казахские владетели. Но вскоре бухарский хан направил свое оружие против недавних своих военных союзников — казахов — и пошел войною на Ташкент — владение казахов, захватил город и посадил там наместником своего сына Искандара. Однако вскоре Ташкент с округами вновь перешел в руки казахов, и там утвердился старший хан казахов Турсун-Мухаммад-султан (1613–1627)[177].
Продолжительное, более чем тридцатилетнее, правление Имам-Кули-хана было временем сравнительного усиления ханской власти и относительного благоденствия страны. Но у Имам-Кули приключилась болезнь глаз, лечение результатов не дало, и в конце концов он ослеп и был вынужден передать верховную власть своему брату Надир-Мухаммад-султану (1642–1645). Новый хан был человеком весьма надменным и алчным и своими отрицательными качествами вызвал всеобщее недовольство. Случилось так, что в 1645 г. казахи в своем набеге на территорию Бухарского ханства дошли до Ходжента. Надир-Мухаммад для изгнания их оттуда отрядил войско под начальством своего старшего сына Абд ал-Азиз-султана. Во время этого похода недовольные политикой Надир-Мухаммада эмиры провозгласили ханом Абд ал-Азиз-султана. Царствующий государь получил это известие, когда находился на территории Карши. Узнав о происшедшем, Надир-Мухаммад-хан поспешил отправиться в Балх, а Абд ал-Азиз — в Бухару, где его избрание ханом было окончательно санкционировано на курултае султанов, эмиров и сановников страны (правил в 1645–1680 гг.).