Год начала правления Хизр-Ходжа-хана источниками точно не называется. По «Тарих-и Рашиди» и «Шаджара-йи тюрк», Хизр-Ходжа был возведен на ханский престол после того, как эмир Камар ад-Дин пропал без вести в диких лесах страны Тюлес во время одного из нашествий Тимура на Моголистан, т. е. после 1390 г.; однако это не соответствует датам, которые приводятся в более ранних источниках. В «Зафар-наме» Шами и в «Зафар-наме» Йазди Хизр-Ходжа именуется «ханом Джете» в описании событий 791/1388–1389 г. Согласно Муин ад-Дину Натанзи, Хизр-Ходжа-оглан был провозглашен ханом в 769/1367–1368 г.; но вследствие малолетства хана в начальные годы его царствования все дела при нем решала Мирак-ага, жена эмира Пуладчи, мать Худайдада, женщина властная и чрезвычайно строгая; власть Хизр-Ходжа-хана и его
Тимур, пользуясь смутным временем, предпринял несколько походов на Моголистан. Во время одного из таких нашествий, имевшего место, согласно «Матла ас-садайн», в 779/1377–1378 г., войско Тимура во главе с Омар-Шейхом и Хитай-бахадуром вошло в Кашгар. Хизр-Ходжа-оглан и эмир Худайдад, оставив город, ушли. «Эмирзаде Омар-Шейх, — пишет далее Абд ар-Раззак Самарканди, — захватив мать Худайдад могола, Амире-ака, и гаремы эмиров, отправили их в Самарканд, а жителей Кашгара переселили в Андуган». По сведениям Муин ад-Дина Натанзи, Мирак-ага скончалась при дворе Тимура спустя три года после пленения. В 1390 г. Тимур снова отправил войско против Джете, на войну с Камар ад-Дином. Последний бежал на Иртыш, оттуда на север, в страну Тюлес. Как полагает В. В. Бартольд, Камар ад-Дин после этого, вероятно, уже не возвращался в Моголистан.
Хизр-Ходжа и воспользовался этим благоприятным моментом; он, по словам Натанзи, тут же «распростер руку захвата на весь улус, приведя к повиновению непокорных» (
По словам Мирзы Хайдара Дуглата, Хизр-Ходжа-хан пережил эмира Тимура (ум. в феврале 1405 г.). Однако это утверждение автора «Тарих-и Рашиди» никак не согласуется с известиями более ранних и информированных тимуридских источников. Согласно Муин ад-Дину Натанзи, Хизр-Ходжа-хан умер в 799/1396–1397 г. после тридцати лет правления; У Шараф ад-Дина Али Йазди и Абд ар-Раззака Самарканди известие о его смерти помещено в описании событий 802/1399–1400 г. В науке датой смерти Хизр-Ходжа-хана принято считать 1399 г.
В дальнейшем история сложилась таким образом, что все последующие ханы Моголистана и Моголийе были из потомков Хизр-Ходжи, действительного или мнимого сына Туглук-Тимур-хана.
История войн эмира Тимура с владетелями Моголистана изложена в «Очерке истории Семиречья» В. В. Бартольда, в монографии К. А. Пищулиной и книге Беатрис Ф. Мэнз. Тимур предпринял более десяти грабительских походов на Моголистан, но так и не подчинил моголов своей власти. В год смерти Тимура (1405), как и в год начала его правления (1370), крайним пунктом владений чагатаев на северо-востоке оставалась р. Ашпара, а на юго-востоке — Фергана. Правда, в 818/1415–1416 г. Тимуриды захватили Кашгар и утвердились там; но около 838/1434–1435 г. внук эмира Худайдада эмир Саййид-Али отвоевал город у Тимуридов, и Кашгар оставался под властью дуглатских эмиров до 920/1514 г. Более того, к концу правления внука Тимура Улугбека (ум. в октябре 1449 г.) моголы отняли у Тимуридов все области к востоку от Сайрама.
Экспансия моголов в пределы государства Тимуридов была особенно успешной во второй половине XV в. В годы правления Юнус-хана (1462–1487) и его сына Махмуд-хана (1487–1508) во власть моголов перешли Ташкент, Сайрам, Ахси, Шахрухийе, Ура-Тепе, Дизак, Ош и ряд других западнотуркестанских городов и населенных пунктов.
В начале XVI в. государство Тимуридов пало, но пало не под натиском моголов, а в борьбе с узбеками, тюркскими кочевниками, вышедшими из северных степей Дешт-и Кипчака.