По преданию, включенному в «Муизз ал-ансаб», мать Туглук-Тимура после смерти своего мужа-царевича Эмил-Ходжи вышла замуж за другого человека (в источнике его имя написано без диакритических знаков); Туглук-Тимур родился в доме этого человека и считался его сыном (
О первых годах правления Туглук-Тимур-хана в источниках мало сведений. Утверждается только, что он в скором времени подчинил себе Кашгар, Яркенд, Ала-Таг и Уйгуристан и что власть его распространялась на «весь Моголистан». Согласно Мирза Хайдару Дуглату и Абу-л-Гази, в возрасте 24 лет (т. е. в 754/1353) Туглук-Тимур стал мусульманином, вместе с ним мусульманскую веру приняли сто шестьдесят тысяч человек, и с этого времени в Улусе Чагатая ислам стал господствующей верою.
Туглук-Тимур, владевший Семиречьем и Восточным Туркестаном, решил распространить свою власть и на западные области Улуса Чагатая; с этой целью весной 1360 г. он выступил в поход на Мавераннахр, где после смерти Казан-хана в 747/1347 г. власть находилась в руках нескольких эмиров, из которых самым могущественным был Хусайн, внук эмира Казагана. По прибытии Туглук-Тимур-хана с огромным войском в Мавераннахр многие эмиры западных владений Чагатаидов признали его верховную власть, в том числе Тимур из племени барлас, бывший тогда помощником эмира Хусайна. Но вскоре несогласованные действия могольских военачальников заставили Туглук-Тимура вернуться в Моголистан.
Весной 1361 г. Туглук-Тимур во второй раз выступил в поход на Мавераннахр. Эмир Тимур, владетель Кеша (с середины XIV в. называется Шахрисябз — «Зеленый город»), вновь заявил о своей покорности хану моголов, многие из эмиров, в том числе эмир Хусайн, бежали за Амударью. В погоне за бежавшими противниками в начале зимы Туглук-Тимур дошел до Гиндукуша, провел в тех пределах весну и лето 1362 г., а осенью возвратился в Моголистан, оставив своим наместником в Мавераннахре Илйас-Ходжу, своего сына. Однако дела у Илйас-Ходжи не пошли на лад: часть военачальников во главе с эмиром Бекчиком, оставленные Туглук-Тимур-ханом в Мавераннахре с сыном, подняла против него мятеж, к ним примкнули местные эмиры со своими отрядами. Объединенные силы мятежников нанесли поражение войску Илйас-Ходжа-оглана в сражении около Пул-и сангин («Каменный мост»). В это тревожное время Илйас-Ходжа получил роковое известие о кончине своего отца.
Согласно «Зафар-наме» Йазди, Туглук-Тимур-хан умер в 764/1362–1363 г.; согласно монгольским преданиям, ему было 34 года. Туглук-Тимур был похоронен в Илийской долине, около города Алмалыка, столицы бывшей Чагатайской державы; тогда же над могилой хана была возведена великолепная гробница с высоким (более 16 м) куполом в стиле самаркандских мечетей из обожженного кирпича, облицованного изразцами зеленого, белого, голубого и коричневого цветов (подробное описание гробницы хана дано в работах В. В. Бартольда [101]и Н. Пантусова [102]. По словам В. В. Бартольда, лично осмотревшего гробницу Туглук-Тимура в 1894 г., мазар первого хана Моголистана «далеко оставляет за собой все виденные нами архитектурные памятники Средней Азии, за исключением самаркандских».
У Туглук-Тимура было пять сыновей и две дочери, по имени Йадгар и Тоган; имена его сыновей (сразу обращает на себя внимание то, что они все мусульманские): Илйас-Ходжа, Хизр-Ходжа, Даулат-Ходжа, Зу-л-Карнайн, Искандар (
Получив весть о смерти своего отца, Илйас-Ходжа спешно покинул Мавераннахр и прибыл в Моголистан; и в том же 764/1362–1363 г., по словам автора начала XV в. Муин ад-Дина Натанзи, «эмир Ширамун, эмир Хаджжи, эмир Тунам, эмир Камар ад-Дин, эмир Шамс ад-Дин и прочие могольские эмиры, собравшись и вынеся общее решение, посадили Илйас-Ходжа-оглана на ханский престол» (