Эти исследования показали, что к апрелю 1982 года (спустя четыре с половиной месяца после аварии) загрязнение в толще вод снизилось по сравнению с послеаварийным состоянием, но еще в 5–10 раз превышало фоновые значения. По-видимому, в зимний период и за столь короткий промежуток времени мазут не смог полностью разложиться. Но к осени 1982 года (спустя 11 месяцев после аварии) на прилегающей к порту Клайпеда обширной акватории моря концентрации нефтепродуктов в толще вод и верхнем слое донных осадков приблизились к фоновому уровню. На основании этих данных было рассчитано, что к октябрю 1982 года в толще воды и донных отложениях оставалось около 700 тонн мазута. Это сказалось лишь на некотором повышении уровня загрязнения вод Куршского залива. Столь быстрое разложение загрязнения связано, во-первых, с тем, что разлив случился в зимнее время, в условиях низких температур воды и воздуха, что препятствовало эмульгированию и растворению мазута, то есть внутримассовому загрязнению; во-вторых, значительная часть мазута была выброшена на пологое побережье и оперативно убрана, и вторичного загрязнения за счет смыва мазута паводками практически не произошло; в-третьих, в результате проведенных экспедицией Института океанологии драгирований и водолазных работ не было обнаружено захоронений мазута на дне, то есть загрязнение практически не аккумулировалось осадками.
Но даже столь непродолжительное загрязнение толщи вод оказало значительное токсическое воздействие на различные трофические уровни экосистемы. В первую очередь действие загрязнений проявилось в изменении численности и состава фитопланктона (преимущественно микроскопических растений). Поскольку весной в районе севернее Клайпеды было обнаружено, что клетки водорослей содержали остатки нефти, можно предположить, что минимум численности клеток в апреле, то есть в то время, когда здесь должен наблюдаться обычный весенний максимум (в чистом водоеме), связан с мазутным загрязнением. Благодаря скорости, с которой размножается фитопланктон, быстро компенсировалось влияние локального и временнóго фактора, и к лету численность фитопланктона увеличилась.
Некоторые изменения произошли и в составе фитопланктона, прежде всего они коснулись жгутиковых. Эти группы организмов плохо защищены от внешних воздействий, плавают близко к поверхности и наиболее чувствительны к нефтяному загрязнению. Изменения численности и биомассы жгутиковых в июле соответствовали колебаниям концентраций нефтяных углеводородов. Увеличение численности жгутиковых для района в целом по сравнению с другими районами Балтийского моря позволяет предположить, что здесь виновато загрязнение. Подобное явление отмечено и при исследовании донной растительности в районе аварии танкера «Амоко Кадис». Непосредственно после разлива нефти численность фитобентоса резко возросла и оставалась на высоком уровне почти на протяжении года, потом наступил резкий спад. Увеличение численности фитопланктона может быть показателем нарушения равновесия в системе и отрицательного влияния загрязнения на организмы других трофических уровней. Наличие полисапробных видов указывает на значительную загрязненность исследуемой акватории, но присутствие видов индикаторов ОВ зоны (ОВ — отравляющие вещества) является признаком постепенного самоочищения этого района.
Исследования показали, что среди микрофитобентоса преобладали виды, способные выдержать значительное нефтяное загрязнение. Отмечены изменения также в структуре зоопланктона: численность преобладающего ранее рачка хидорус сократилась в 1982 году в 10 раз; в 1,3 раза снизилась биомасса зоопланктона в целом, но в 1,7 раза увеличилась его численность по сравнению с многолетними данными за счет роста количества коловраток. Произошло уменьшение размеров организмов зоопланктона, что привело к снижению их средней массы в 2,3 раза.
Разлив мазута привел к значительным сокращениям запасов промысловой мидии и фурцеллярии. По данным БАЛТНИРХа, в районе от порта Клайпеда до порта Лиепая общий запас фурцеллярии сократился на 50 процентов, что составило 13 тысяч тонн, а мидии — на 30 процентов, или 144 тысячи тонн по сравнению с 1981 годом. Водоросль фурцеллярия является ценным сырьем при производстве агара; сокращение ее основного запаса привело к резкому уменьшению ее штормовых выбросов и, как следствие, остановку производства агара в Латвии. Кроме того, фурцеллярия является практически основным поставщиком кислорода в исследованном районе и переносчиком нерестового субстрата салаки.
Изменились и преднерестовые миграции сельди, так как три основных нерестовых района юго-восточной Балтики перестали функционировать. По оценке биологов, естественное восстановление погибших массивов можно ожидать не ранее чем через пять лет. Однако существует мнение, что в условиях интенсивного антропогенного воздействия восстановительный период может быть еще бóльшим.