Считают, что судьба остальных 8 тысяч тонн мазута такова: испарилось в атмосферу, растворилось в воде и осело на дне около 2,5 тысячи тонн; выброшено на пляжи около 5,5 тысячи тонн. Кстати, использовать мазут, убранный с песчаных пляжей, в отличие от собранного в воде практически невозможно. Перемешанный с песком мазут — черное желе — убирался в основном автотехникой и вывозился в специальные карьеры. Там, где автотехника мало помогала, мазут убирался вручную. Так или иначе, но к курортному сезону знаменитые пляжи на берегу «янтарного моря» были очищены. Около 600 тысяч тонн песка и песчано-мазутной смеси было вывезено с побережья. Местами слой песка был полностью снят и обнажены залегающие под ним литориновые торфы. Около устьев рек Раже и Ашареле были снесены и выровнены дюны. Значительный ущерб нанесен участкам побережья, где наиболее узкие пляжи и где максимально снята песчаная толща. В условиях низких температур воды и воздуха эмульгирование и растворение мазута в толще воды было замедлено. Оно несколько увеличилось весной, когда весенние паводки выносили мазут, оставшийся на побережье, в открытое море.
Чтобы получить достаточно полное представление о последствиях катастрофического разлива мазута, были предприняты комплексные исследования, которые включали гидрохимические, гидробиологические, микробиологические эколого-физиологичеекие наблюдения. Ставилась задача выяснить влияние остатков мазута на экологию прибрежной зоны и рекреационные возможности побережья (то есть меру вреда для отдыхающих), оценить уровень загрязнения морских вод, донных осадков, береговой зоны, выявить влияние последствий разлива на биологические сообщества прилегающего к порту Клайпеда района Балтийского моря и его побережья.
Балтийское море внутреннее, и загрязняется оно нефтью и нефтепродуктами в значительно большей степени, чем в среднем воды Мирового океана. Так, несмотря на то что на Балтику приходится лишь 0,1 процента от площади Мирового океана, в ее воды поступает примерно 2,8 процента суммарного нефтяного загрязнения Мирового океана. Наиболее реальная цифра поступления нефти и нефтепродуктов в Балтику — 50 тысяч тонн в год. Этот высокий уровень загрязнения обусловлен не только интенсивным судоходством, но и тем, что на берегах Балтийского моря расположены промышленно развитые страны. Воздействие нефтяного загрязнения на экосистему здесь значительно выше, чем в других водоемах. Балтийское море соединено с Северным морем сравнительно узкими и мелководными проливами, что обусловливает замедленный водообмен в нем. Например, время обновления вод Балтики 35 лет, тогда как Северного моря 2–3 года. Низкие температуры воды препятствуют быстрой деградации нефтяных соединений. Все это приводит к накоплению в нем остатков нефти и нефтепродуктов. Поэтому так много внимания в последнее время уделяется исследованию экологии этого жизненно важного для Северной Европы моря.
Различают два типа нефтяных загрязнений морской среды: хроническое загрязнение в течение длительного времени сравнительно низкими концентрациями и аварийное загрязнение большими количествами нефтепродуктов в короткий промежуток времени. От хронического загрязнения в Балтийское море попадает ежегодно от 20 до 40 тысяч тонн нефтепродуктов, а в результате аварий — 5–10 тысяч тонн в год. Но именно аварийные разливы наносят наибольший экологический ущерб. Широкие мероприятия, проведенные в международном и национальном масштабах, и заключение Балтийской конвенции способствовали некоторому снижению уровня нефтяного загрязнения Балтики. Однако сейчас наблюдается увеличение числа аварий танкеров, а также нефтеналивных сооружений в портовых районах.
Для исследования последствий клайпедской аварии было проведено 20 судовых экспедиционных съемок и 24 авианаблюдения. Широкий комплекс исследований в этих целях был проведен также Институтом океанологии имени П. П. Ширшова АН СССР. Изучались различные гидрохимические и гидробиологические параметры толщи морских вод, донных осадков, пляжных отложений, трансформации форм нефтяного загрязнения в различных средах.