Значение, которое придавало партийно-государственное руководство воспитанию новой военной элиты, было подчеркнуто участием Владимира Ленина в открытии академии. «Владимир Ильич говорил о трудностях, переживаемых республикой. О том, что республика позволила себе такую “роскошь”, собрав здесь на учебу в самый ответственный момент боевых командиров, но сделано это потому, что для будущей борьбы ей нужны опытные полководцы, которые хорошо разбирались бы в сложной обстановке гражданской войны, умели бить врага по всем правилам военного искусства», — вспоминал Тюленев. По его мнению, речь Ленина изменила отношение к учебе как к ссылке или опале, слушатели начали напряженно готовиться к занятиям.
Но в воспоминания Тюленева вкралась ошибка: в декабре 1918 года Ленин перед слушателями не выступал, это произошло позднее — 19 апреля 1919 года. В декабре 1918 года перед слушателями выступал председатель ВЦИКа Яков Свердлов. Тем не менее выступление Свердлова повлияло на настроение Чапаева: он, по словам Тюленева, «приутих».
Трудности в учебе из-за низкого уровня образования и требовательности преподавателей заставляли многих слушателей стремиться к возвращению на фронт. Скованные военной и партийной дисциплиной, они продолжали доказывать ненужность их пребывания в стенах академии и невозможность продолжать обучение. Впрочем, Чапаев не сразу решил покинуть стены академии. Вероятно, через две-три недели после начала занятий он почувствовал недостаток общего образования и потому предвидел трудности, с которыми столкнется при сдаче экзаменов по программе обычных пехотных курсов.
Часто встречающаяся версия о пристрастном отношении преподавателей-генералов к слушателям-простолюдинам не вполне обоснованна. Кирилл Мерецков вспоминал: «К нам профессура относилась сначала довольно снисходительно. В 1918/19 учебном году существовали только две оценки на зачетах: “удовлетворительно” и “неудовлетворительно”… Как правило, все получали удовлетворительные оценки». Скорее наоборот: слушателей часто раздражали подчеркнутая аполитичность профессоров и доцентов, их сознательная отстраненность от современных событий. В глазах многих краскомов Гражданской войны эти качества выглядели едва ли не контрреволюцией.
Раздражение части слушателей было вызвано тем, что им недостаточно объяснили цели отправки в академию, а также несоответствием между желаемым и действительным. Красные командиры разных рангов надеялись, что военспецы из числа бывших генералов и полковников дадут им рецепты быстрого разгрома противника в маневренной войне, в условиях плохого вооружения, недостаточности боеприпасов и снаряжения, при быстро меняющихся настроениях бойцов. Они не понимали, что военной науке, даже самой передовой, требуется немало времени для изучения, анализа и осмысления новых явлений и тенденций военного искусства.
Красные командиры слушали не всегда понятные им рассуждения о военной истории, лекции по военной географии и подробнейшие рассказы о тактике артиллерии, начинавшиеся чуть ли не с применения греческих катапульт и византийских метательных машин. «Преподаватели были разными. Одни из них являлись, по-видимому, опытными командирами, но читали лекции плохо… Другие были способными лекторами, но не для данной аудитории, где вместо привычного для них избранного офицерства сидели вчерашние рабочие и крестьяне, многие с весьма слабой общеобразовательной подготовкой. Были, конечно, и те, которые умели устанавливать контакт с аудиторией, освещали вопросы популярно и в то же время научно, поэтому и пользовались всеобщим уважением и любовью у слушателей», — писал Мерецков.
Проблемой нашего героя кроме низкого образовательного уровня и предвзятого отношения к «бывшим» было высокое самомнение, уверенность, отчасти оправданная, что он — человек исключительного военного таланта. Чапаев крайне болезненно реагировал на любое несогласие со своей версией или присущее профессорам ироническое отношение к слушателям, воспринимал свои отношения с преподавателями как едва ли не продолжение Гражданской войны в красном тылу. Иван Тюленев вспоминал, что наш герой вспылил после дискуссии с профессором военной истории и стратегии Александром Свечиным. Замечание преподавателя: «Вероятно, товарищ Чапаев, если бы римской конницей командовали вы, то сегодня мы говорили бы о разгроме Ганнибала римлянами» — Чапаев встретил в штыки: «Мы уже показали таким, как вы, генералам, как надо воевать!»
Евгения Чапаева утверждает, что слушатели академии «каждый раз устраивали Свечину обструкцию». Но однокурсники Чапаева это не подтверждают. Тюленев отмечал, что Свечин безукоризненно знал свой предмет, хорошо учил слушателей. «Это был один из тех военных специалистов, которые сумели трезво оценить обстановку в России и встали на службу той настоящей Родине, за которую воевал народ», — писал генерал. Мерецков называл Свечина «замечательным преподавателем», который произвел на него большое впечатление благодаря эрудиции и оригинальному мышлению.