Наш герой, который, возможно, даже не заметил опасности, готовил дивизию к новым боям. После серии малозначительных стычек, в которых недавно призванные новобранцы получили боевую закалку, во 2-ю Николаевскую дивизию прибыл наконец обещанный Малоузенский полк. К 10 ноября четырем полкам дивизии противостояли пять казачьих полков, пехотный дивизион и бронемашина. Однако не стоит делать выводов о превосходстве противника. После пополнения красные три пехотных и кавалерийский полки насчитывали около четырех с половиной тысяч бойцов, тогда как белоказачьи полки редко превышали по численности 350–400 сабель.
Перед началом наступления Чапаев разъяснил своим бойцам и командирам смысл предстоящего сражения. Обратим внимание, что начдив строго предостерегает их от насилия над мирными жителями, понимая, что любые эксцессы ожесточат казаков на фронте и могут вызвать восстания в тылу наступающих войск: «…Вот уже близка ваша победа, один за другим падают оплоты буржуазии, все больше и больше редеют ее ряды, тогда как наши наоборот растут, ибо в каждом освобожденном городе и селе к нам примыкают новые бойцы. Товарищи, перед вами один из предпоследних оплотов контрреволюции — Уральск. Он падет в ближайшие дни, ибо вы хотите этого, ибо вы храбры и настойчивы. Но, товарищи, вы должны проявить величайшую сдержанность и благородство при вступлении в город, как честные борцы за святое дело освобождения родных братьев — трудовых казаков, рабочих и крестьян. Вы должны поддержать образцовый порядок и быть примером для других. Помните, вы — бойцы славной отныне Железной Николаевской дивизии, начавшей одной из первых бить банды контрреволюционеров и всегда отличавшейся на полях сражения.
При вступлении в город не должно быть никаких насилий, никаких грабежей и никакого хулиганства с нашей стороны. Пусть знает буржуазия, что солдаты Красной Армии не дают пощады лишь только кулакам, золотопогонникам и прочим мерзавцам, гнавшим виселицами и расстрелами трудовое казачество драться с нами. Но бедняки — обездоленные наши братья, и им не может быть чинимо никаких насилий, а также грубостей. Повторяю, порядок в городе должен быть образцовый. Вы должны оправдать данное мною дивизии новое наименование и на деле доказать, что вы действительно солдаты железной дивизии, крепко споенные (так в документе. —
Однако новое наступление на Уральск пришлось отменить из-за обострившейся ситуации на Южном фронте. Последнее масштабное наступление Донской армии атамана Петра Краснова вынудило советское командование снять с фронта примыкавшей к Южному фронту 4-й армии еще одну дивизию, на этот раз Уральскую. После этого 4-я армия лишь номинально могла считаться таковой: в ней осталось всего две дивизии и несколько отдельных частей. Уральск пришлось брать уже без Чапаева.
Вскоре после прекращения активных действий на фронте против казаков Чапаев пишет рапорт о зачислении в Академию Генерального штаба Красной армии на имя Троцкого: «Прошу Вашего разрешения о зачислении меня в военную Академию Генерального штаба для прохождения курса. Командовать дивизией может бригадный командир Потапов или командир Пензенского полка Ильин». Троцкий немедленно телеграфировал в Самару: «Предлагаю немедленно откомандировать начальника Николаевской дивизии Чапаева в военную академию для прохождения курса». Сейчас трудно высказать единственную версию отъезда Чапаева в академию, но, вероятно, совпали две причины. Чапаев искренне хотел учиться теоретическим основам военного искусства, чтобы подвести под свои победы на поле боя научную основу и обогатиться наработанными веками принципами вождения войск. Одновременно Реввоенсовет армии был не прочь на время избавиться от норовистого командира соединения, который регулярно нарушал предписания высшего командования, обвинял его в неправильном ведении боевых действий и даже измене. Наконец, оставшимся в армии дивизиям предстояла масштабная реорганизация, переход на единые штаты, где пехотные (стрелковые) полки не имели собственной кавалерии и артиллерии, а состав дивизий расширялся до десяти полков (девять стрелковых и кавалерийский). Эти преобразования могли вызвать недовольство привыкшего открыто выражать свои суждения начдива и новый виток обострения отношений между ним и штабом армии.