В июне Чан Кайши приехал в Кантон, где организовал Верховный политический комитет Гоминьдана из одиннадцати человек, который сам возглавил (заместителем его стал Ли Цзунжэнь). Этот комитет по сути дела заменил правительство. Во главе же Исполнительной палаты формально встал генерал Янь Сишань (также вошедший в Верховный политический комитет). После этого Чан опять отправился на Тайвань, откуда 10 июля совершил поездку на Филиппины, чтобы договориться с тамошним президентом о совместном отражении коммунистической опасности. Он получил поддержку, по крайней мере устную. И через несколько дней вновь был в Кантоне, где 16 июля на совместном заседании Политического и Постоянного комитетов ЦИК Гоминьдана был создан новый орган власти — Чрезвычайный верховный совет, также во главе с Чан Кайши (заместитель — Ли Цзунжэнь).
Но ни Чан, ни Ли, ни остальные члены обоих комитетов уже не могли спасти Гоминьдан. Войска компартии устремились на юг мощным потоком.
21 июля 1949 года Чан вновь улетел в Тайбэй, где 1 августа в Цаошане основал свою новую штаб-квартиру. А через неделю опять отправился в зарубежную поездку — на этот раз в Южную Корею, чтобы и с местным президентом обсудить вопрос о совместной борьбе с коммунизмом, и получил от него заверение в безусловной поддержке. После этого в речи по случаю четвертой годовщины освобождения Тайваня от японских колонизаторов Чан заявил, что «Формоза предназначается для того, чтобы быть оплотом сопротивления планам русского империализма, и уже является таким оплотом».
На материке же ситуация ухудшалась с каждым днем. 23 августа Чан прибыл в Кантон, созвал срочное военное совещание, а через два дня вылетел в Сычуань, где посетил Чунцин и Чэнду, а затем, в середине сентября, опять улетел в Кантон, чтобы руководить его обороной. К тому времени, в начале сентября, гоминьдановское правительство вновь, как и во время Второй мировой войны, перебралось в Чунцин. Чан же уехал из Кантона (в Сямэнь, провинция Фуцзянь) только в самом конце сентября и уже оттуда вновь улетел в Тайбэй.
Между тем 1 октября 1949 года в Пекине, на центральной площади Тяньаньмэнь, Мао Цзэдун провозгласил образование Центрального народного правительства Китайской Народной Республики. На следующий день это правительство признал Советский Союз, разорвавший дипломатические отношения с Чан Кайши. Некоторые западные журналисты считали, что Чан тут же объявит войну СССР, но этого, конечно, не произошло. Чан просто заявил, что «третья мировая война уже началась».
14 октября Кантон пал, а 14 ноября Чан прилетел в Чунцин из Тайбэя, но, как оказалось, только для того, чтобы уже в конце ноября бежать в Чэнду — последний оплот сопротивления в материковом Китае. 5 декабря Чан Кайши дал интервью представителям печати, заявив, что «борьба на территории Китая будет продолжена любой ценой, независимо ни от каких жертв», но 7 декабря национальное правительство Китая из Чэнду перебралось на Тайвань, в город Тайбэй. Правда, не в полном составе. Президент Китая Ли Цзунжэнь выехал из Гуаней в США под предлогом лечения от гастрита. «Лечиться» он будет 15 лет и в 1965 году, накануне «культурной революции», получив прощение от Мао Цзэдуна, вернется в Китай. Скончается Ли Цзунжэнь в Пекине 30 января 1969 года от пневмонии.
Оглядываясь назад, один из архитекторов американской политики в Китае Джон Картер Винсент, глава отдела Дальнего Востока в Госдепе в 1945–1947 годах, писал: «Мы не могли спасти Китай для Чан Кайши… Историческая трагедия заключается в том, что усиление коммунизма совпало с полным разложением националистического правительства. Революция была неизбежна. Мы старались сделать ее либеральной, но шансы были не на нашей стороне». О том же в сентябре 1952 года писал и Трумэн: «Падение Чан Кайши было делом рук его самого. Его полевые генералы сдавали коммунистам технику, которую мы ему давали, и использовали его собственные армии и вооружение для его свержения. Только американская армия в два миллиона человек могла бы спасти его, но это была бы Третья мировая война». «Китай потерпел поражение из-за слабости Национального правительства», — подтвердил Трумэн через четыре месяца в своем «Прощальном обращении» к нации перед тем, как сложить с себя обязанности президента.
Вряд ли Чан был полностью с ним согласен. С его точки зрения, президент США мог бы сделать гораздо больше, чем сделал, даже не посылая войска для того, чтобы спасти Китай от коммунизма. Свои обиды в отношении Трумэна Чан выскажет позже, в воспоминаниях, которые опубликует в 1956 году.