Решающим эпизодом в развитии ЧСУ ФЗ в столице становятся события 13 июня 1918 г. В этог день они начались с того, что в клубе Александровской железной дороги собрались 59 человек, объявивших себя чрезвычайным собранием уполномоченных фабрик и заводов Москвы. Из присутствующих на собрании 44 человека состояли в РСДРП или ПСР. Среди них были такие известные фигуры, как Каммермахер (Кефали), секретарь МК РСДРП Г.Д. Кучин и другие. Настроения, преобладавшие в тот день в клубе Александровской железной дороги, проправительственными назвать было невозможно. Хотя заявлено собрание было как посвященное решению продовольственного вопроса, в центре его внимания оказались совсем иные проблемы. Если продовольственная политика власти и обсуждалась, то сугубо с целью ее жесткой критики. В целом же собравшиеся сосредоточились на выработке мер борьбы с большевиками. Собрание потребовало немедленной замены советской власти Учредительным собранием. Некоторые участники настаивали на неизбежности и желательности свержения большевистского режима силой. Вновь звучали лозунги свободной торговли, прекращения братоубийственной войны против крестьян, отмены Брестского мира. Собрание приняло два документа — "Воззвание ко всем рабочим Москвы" и наказ "Московским рабочим". В документах собрания звучал решительный призыв к рабочим столицы и других промышленных центров к немедленной политической забастовке с выдвижением забастовщиками целого пакета экономических и политических требований, находящихся в русле идеологии организованной оппозиции. Предполагалась, что стачка должна протекать до победы. Причем под победой, скорее всего, понималось не выполнение властями требований забастовщиков, пусть даже в самом полном объеме, а бесповоротное свержение советской власти.
Как полагает М.С. Бернштам, среди участников ЧСУ ФЗ Москвы оказались два или три провокатора. Тогда именно они могли сообщить о том, что действительно проходило в клубе Александровского вокзала под маской беспартийного рабочего собрания. Вероятно, когда собрание уже завершалось, в помещение клуба вошла группа вооруженных чекистов. Они изъяли все материалы собрания и арестовали всех участников совещания. Среди арестованных оказался и весь состав петроградской делегации. Аресты вызвали в рядах организованной оппозиции серьезную обеспокоенность. На освобождении арестованных на поруки пытались настаивать ЦК и МК РСДРП. Поднял брошенную перчатку и ответил на вызов и лидер меньшевиков Ю.О. Мартов. Сразу же после произведенных арестов он выступил в поддержку своих товарищей по партии. Уже на другой день после разгона собрания, 14 июня 1918 г., он поставил вопрос о произошедших накануне событиях на заседании ВЦИК. Мартов требовал произвести разбирательство. Он также обратил внимание членов ВЦИК на то, что делегации московских рабочих, направлявшиеся в Советский парламент с требованиями отпустить арестованных, не были допущены на его заседание.
Возникло напряжение и в рабочих кварталах. Волна протеста вышла далеко за пределы Москвы и прокатилась по другим городам. Так, рабочие Сестрорецкого и Оружейного заводов не только приняли резолюцию против арестов в Москве, но и избрали для пополнения делегации Молчанова и Зарубаева. Вместе с ними в Москву был направлен еще один видный деятель социалистической оппозиции — Грабовский, представлявший рабочих Гильзового завода. В связи с арестами свое официальное осуждение политики большевиков вынесло Бюро Собрания уполномоченных Петрограда. В нем клеймились позором "жандармские приемы расправы с представителями рабочего класса", звучал призыв к "солидарности с ними".
Но все же основные события в этот момент разворачивались именно на московских предприятиях. Собрания протеста состоялись в типографии Сытина, на Московско-Казанской железной дороге, на фабрике Симано и на предприятиях Мюр-Мюрилиза. На некоторых из них были сформированы специальные депутации в Моссовет, просить смягчения меры пресечения. Но посылкой "ходоков" во власть и пикетированием ВЦИК формы протеста не ограничились. Как писала в те дни оппозиционная печать, "несмотря на разгон Московской конференции, арест ее членов", рабочие были "намерены добиться созыва ее". По ее сообщениям, они готовы были не останавливаться и перед "открытой угрозой" политической стачки. Так, решительную позицию занял Союз рабочих печатного дела. Всего через три дня после ареста московской рабочей конференции, в воскресенье 16 июня 1918 г., на своем собрании они обсуждали вопросы, связанные с развязанными большевиками репрессиями и свободой слова. В ходе обсуждения было решено не поддаваться давлению со стороны властей. "Из этого последнего решения, — говорилось в отчете о собрании, — вытекает насущная необходимость и прямая обязанность всех членов союза, и в особенности наиболее сознательных из них, оказать всемерное содействие правлению в его работе по выборам уполномоченных от печатных предприятий г. Москвы и по посылке их на рабочую конференцию".