15 сентября 1936 г. Булгаков подал заявление об уходе из МХАТа и об отказе от инсценировки «Виндзорских проказниц». В связи с этим Е. С. Булгакова отметила: «Теперь остается решить, что делать с Большим театром. М. А. говорит, что он не может оставаться в безвоздушном пространстве, что ему нужна окружающая среда, лучше всего — театральная. И что в Большом его привлекает музыка. Но что касается сюжета либретто… Такого ясного сюжета, на который можно было бы написать оперу, касающуюся Перекопа, у него нет. А это, по-видимому, единственная тема, которая сейчас интересует Самосуда». В связи с планами создания либретто Булгаковы 26 сентября 1936 г. посетили С. И. Потоцкого, музыка которого произвела на жену драматурга скверное впечатление: «Были у Потоцких. Он играл свои вещи. Слабо. Третий сорт». 1 октября 1936 г. Булгаков подписал договоры о работе консультантом-либреттистом в Большом театре и на либретто оперы Ч. м. для С. И. Потоцкого. В тетради с подготовительными материалами автор либретто датировал начало работы над Ч. м. 16 октября 1936 г. Время окончания работы над первой редакцией драматург поставил в рукописи 18 ноября 1936 г., но, скорее всего, завершил Ч. м. на несколько дней раньше. Как фиксирует в дневнике Е. С. Булгакова 15 ноября 1936 г.: «Были на «Бахчисарайском фонтане». После спектакля М. А. остался на торжественный вечер. Самосуд предложил ему рассказать Керженцеву (председателю Комитета по делам искусств. — Б. С.) содержание «Минина» (либретто «Минин и Пожарский». — Б. С.), и до половины третьего ночи в кабинете при ложе дирекции М. А. рассказывал Керженцеву не только «Минина», но и «Черное море»». Очевидно, Ч. м. П. М. Керженцеву (Лебедеву) (1881–1940) не понравилось, так как Е. С. Булгакова свидетельствует, что 17 ноября 1936 г. после спектакля в Большом театре «Керженцев подошел к М. А. и сказал, что он сомневается в «Черном море»». На следующий день драматург читал либретто Потоцкому и Шарашидзе, причем, по утверждению Е. С. Булгаковой, композитору либретто понравилось.
3 февраля 1937 г. Булгаков получил аванс по договору на Ч. м. Однако дирекция театра, очевидно, не без влияния Керженцева, потребовала доработок, усиливающих революционное звучание либретто. Согласно записям Е. С. Булгаковой, в марте 1937 г. драматург трудился над второй редакцией и 18 марта «после бешеной работы М. А. закончил «Черное море»». На следующий день текст либретто был прочитан Потоцкому и сдан в Большой театр. Работа над Ч. м. в театре не шла, композитор не спешил писать музыку. Очевидно, одобрения Керженцева так и не последовало. Надежды на постановку исчезли. Потоцкий 1 ноября 1937 г. предложил Булгакову выправить его новое либретто о Стеньке Разине (по отзыву Е. С. Булгаковой, это либретто — «очень дурно»), но драматург стать соавтором наотрез отказался. Не исключено, что С. А. Самосуд разочаровался в музыкальных способностях Потоцкого и поэтому отказался от постановки Ч. м. У Булгакова же симпатии к этому композитору, в отличие от другого своего оперного партнера, Б. В. Асафьева (Глебова) (1884–1949), и подавно не было (в записи от 3 декабря 1937 г. Е. С. Булгакова вообще назвала Потоцкого болваном).
Булгаков в Ч. м. трансформировал в соответствии со спецификой оперного либретто многие образы своей пьесы «Бег», посвященной последним боям в Крыму осенью 1920 г. Генерал Хлудов, имевший своим прототипом Я. А. Слащева, стал генералом Анатолием Сидоровичем Агафьевым. Этот герой теперь умирал от разрыва сердца накануне эвакуации Севастополя, повторяя здесь судьбу другого белого генерала Владимира Зеноновича Май-Маевского (1867–1920), известного грандиозным пьянством и ресторанными дебошами. Приват-доцент Голубков превратился в художника Алексея Петровича Болотова, а Серафима Корзухина — в певицу Ольгу Андреевну Болотову. Полковник де Бризар теперь назывался командиром белого полка Брегге, а начальник контрразведки Тихий был переименован в полковника Маслова. К Белому Главнокомандующему в Ч. м. добавились также красные военачальники командующий фронтом Михайлов, командир конной армии и др. Михайлов своим очевидным прототипом имел командующего Южным фронтом Михаила Васильевича Фрунзе (1885–1925), чьим партийным псевдонимом была фамилия Михайлов. В Ч. м. появились и принципиально новые герои — предводитель красно-зеленых Марич и его возлюбленная Зейнаб, с которыми была связана романтическая любовная линия. Конечно, по содержанию Ч. м. — это лишь бледная тень «Бега». В полном соответствии с советскими схемами для эпохи гражданской войны, интеллигенты теперь становятся на сторону красных и помогают им. Болотова спасает от погони Марича, а Болотов убивает арестовавшего его жену контрразведчика Маслова. Обреченность белого Севастополя подчеркивается названием ресторана, где умирает Агафьев, — «Гоморра», а все душевные метания Хлудова свелись здесь к короткому предсмертному монологу совершенно фарсового характера: