В 1883-1885 гг.., находясь на службе Болгарского княжества, командовал его флотом. Службу в русском флоте возобновил в чине капитана 2 ранга. Наклонностей к ученым трудам, исследованиям и изобретательству (чем отличался С. О. Макаров) не проявлял. В статье в "Биржевых ведомостях" (17 июля 1878 г.) выступал с вполне здравой мыслью о необходимости для России полноценного броненосного флота, который, конечно, вооруженные пароходы заменить не могут. Без протекции и особых отличий по службе карьера продвигалась трудно, и только в 1894-1896 гг. З. П. Рожественскому (в 1892 г. произведенному в капитаны 1 ранга), довелось командовать первым и единственным в его службе, далеко уже не новым кораблем 1 ранга-крейсером "Владимир Мономах". "Мономах" состоял в эскадре Средиземного моря под командованием уже 5-й год находившегося в чине контрадмирала С. О. Макарова.
В 1896-1898 гг., командуя самым старым в русском флоте броненосцем "Первенец", возглавил учебно-артиллерийскую команду Балтийского флота и в конце 1898 г. получил чин контр-адмирала. В 1899-1902 гг. Рожественский командует Учебно- артиллерийским отрядом. Здесь-то и состоялся ослепительный взлет его карьеры. "Высочайшая благодарность" за работы по снятию с мели броненосца "Генерал-адмирал Апраксин" в 1900 г., "высочайшая благодарность" за командование десантным отрядом и высадку десанта у Биорке на маневрах 1901 г., честь сопровождать императора в Севастополь, изъявление монаршего благоволения с одновременным зачислением в императорскую свиту в 1902 г. за блестящую демонстрацию боевого искусства русского флота во время ревельского свидания императора Вильгельма II с Николаем II.
Этот звездный час в карьере адмирала, очевидно, обеспечил и состоявшееся 17 марта 1903 г. назначение З. П. Рожественского и. д. начальника Главного морского штаба с оставлением в императорской свите. Было от чего закружиться голове. И потому, наверное, не имея достойных друзей и единомышленников, к мнению которых можно прислушаться, счастливо перескочив через голову своего недавнего командующего С. О. Макарова, оставленного на второстепенной, сведенной, по общему признанию, "к нулю" должности в Кронштадте, З. П. Рожественский предался неистовой и неудержимой гордыне и, похоже, возомнил себя, сообразно должности, абсолютно непогрешимым.
Уже перед войной собственными распоряжениями он благополучно провалил операцию по переброске отряда подкрепления для порт-артурской эскадры, а затем и усугубил этот провал отказом С. О. Макарову (его призвали спасать положение в Порт-Артуре, назначив командующим флотом) в просьбе, несмотря на начало войны, продолжать движение на Восток. Рожественский был, бесспорно, и в центре мелкой интриги, в которой С. О. Макарову, считавшему необходимым без промедления ознакомить флот с его тактическими взглядами, отказали в напечатании и срочной высылке в Порт-Артур 500 экз. его "Рассуждений по вопросам морской тактики".
С блеском раскрылся он и в своей известной резолюции, отвергшей очередную инициативу командующего флотом в Тихом океане, который настаивал на том, чтобы снять все нелепые экономические запреты на стрельбу из орудий береговой обороны. С неизъяснимым самодовольством выводил он на полях телеграммы С. О. Макарова своим каллиграфическим почерком следующие слова: "Полагал бы дать одно очень ценное указание не стрелять на расстояния, с которых нельзя попадать. Донесение о попадании в броненосец с 14 верст не подтвердилось. Снаряды брошены впустую".
11 августа 1904 г. на совещании в Петергофе, состоявшемся под председательством императора Николая II, адмирал, уже в апреле назначенный командующим 2-й тихоокеанской эскадрой и деятельно готовивший ее снаряжение к плаванию, решительно высказался за немедленное отправление в путь на
Почуяв настроение императора, жаждавшего поскорее "наказать" дерзких японцев, позицию З. П. Рожественского поддержал и управляющий Морским министерством адмирал Ф. К. Авелан.
Первые весомые дивиденды в карьере последовали сразу: на шестой день по выходе эскадры из Либавы, 7 октября 1904 г., была получена телеграмма о производстве командующего в вице-адмиралы, пожаловании ему звания генерал-адъютанта и утверждении в должности начальника ГМШ.