Не отклоняясь существенно от теоретического чертежа, во всем следуя спецификации по корпусу и сохранив неизменной форму его продольного разреза (включая и по-французски изысканную, но в дальнейшем доставившую лишние хлопоты вогнутость линии киля в кормовой части), русские внесли в него и принципиальные изменения. Первым было усовершенствование броневой защиты, которую признали необходимой для 75-мм пушек. Стоявшие на "Цесаревиче" за легким бортом, они на кораблях петербургской серии были прикрыты третьим поясом брони толщиной 76 мм. Образованный таким путем каземат прикрывали 32-мм крышей, а орудия, для повышения их живучести, разделили 12,7-мм переборками. За это усовершенствование, не посмев увеличить водоизмещение, заплатили уменьшением (в сравнении с "Цесаревичем") толщины плит поясов брони: нижнего -с 250 до 194 мм, верхнего – с 203 до 152 мм.
Улучшили и узел соединения броневой палубы, борта и продольной внутренней переборки. На "Цесаревиче" и двух первых строившихся в Петербурге кораблях "Бородино" и "Императоре Александре III" броневая горизонтальная палуба, не доходя до борта, закруглялась и переходила в вертикальную, той же 40-мм толщины (из двух слоев), опиравшуюся на второе дно внутреннюю броневую переборку.
Получавшийся таким образом внутри корпуса прочный броневой ящик имел, однако, явно недостаточную связь (посредством широкого, толщиной 20 мм, горизонтального стрингера) с бортом и внутренним шельфом главного броневого пояса. Действительно, как выяснилось при подрыве "Цесаревича" ночью 26 января 1904 г., именно этот широкий стрингер не выдержал взрыва и позволил воде в обход сохранившегося в неприкосновенности внутреннего ящика распространиться поверх броневой палубы и в бортовых коридорах. Это и привело к неожиданно быстрому появлению большого (до 18°) крена.
Этот не замеченный французами конструктивный недостаток был исправлен продлением броневой палубы (посредством восстановления уже традиционно применявшегося по примеру "Мажестика" бортового скоса брони) непосредственно до шельфа бортовой брони. Броневая же переборка, став самостоятельным конструктивным элементом, была оставлена на том же месте, но в верхней части присоединялась теперь к скосу палубы, обеспечивая также и ее дополнительное подкрепление.
Третьей особенностью кораблей было существенное расширение электроприводов, что заставило увеличить мощность электростанции, применив новые (на 1500 ампер) генераторы. Четвертой, но, увы, не ставшей гордостью отечественного судостроения особенностью кораблей стало различие в составе их энергетических установок. Если Франко-русскому заводу установку для головного броненосца серии "Бородино" заказали строго по французскому образцу (такой же мощности 16 700 л. е.), то для остальных четырех кораблей машины и котлы изготавливал Балтийский завод по собственному проекту уменьшенной до 15 800 л. с. мощности. Экономия и здесь сказала свое веское слово, заставив пойти на заведомое (до 17,8 уз по формуле В. И. Афанасьева) уменьшение скорости.
Обнаружились и общепроектные различия кораблей, обусловленные разделением заказов на их постройку между двумя существенно отличавшимися предприятиями – казенными верфями Петербургского военного порта (Новое Адмиралтейство и Галерный островок) и Балтийским заводом, который считался заводом Морского ведомства, но обладал значительно большей свободой действий и собственным стилем работы.
Подготовка и начало постройки
Не считая нужным (или просто не имея сил для координационной работы) потребовать от предприятий составления общего проекта, МТК по давней традиции позволил им вести работы самостоятельно, что, несмотря на общность исходных заданий, привело к целому ряду новых отличий, вызвавших по существу создание трех проектов – "Бородино", "Орел" (казенные верфи) и типа "Император Александр III" (Балтийский завод). Эти отличия проявлялись в форме форштевней, в общем расположении, в способах установки и подъема катеров, в расположении люков для выхода горячего воздуха из машинных отделений и т. д. Даже продольные переходные мостики на спардеке приходилось выполнять соответственно двух типов. Отличались и выполнявшиеся разными заводами (Металлическим и Путиловским) башенные установки кораблей.