Над нижним казематом, на верхней палубе, стоял каземат для 8 152-мм орудий. Его по всему периметру закрывали 24 127-мм плиты. С каждого борта крепилось по семь таких плит, а с носа и кормы по 5. Орудия в каземате разделялись 25,4 мм противоосколочными переборками.
Каждая башня (внешний диаметр 7,6 м) защищалась 12-ю 305-мм сталеникелевыми плитами. Каждая плита крепилась к рубашке каркаса 9 болтами. Слегка выпуклые крыши башен набирались из 50,4-мм листов, уложенных непосредственно на металлические каркасы. Проектировать башни Обуховский завод начал в июне 1890 г., а окончательно изготовил только летом 1895 г.
Защита боевой рубки состояла из четырех изогнутых 203-мм и одной 152-мм (она закрывала собой узкий вход в рубку, имевший ширину всего 0,33 м.) плит. Грибовидную крышу рубки изготовили из 50,4-мм листов.
Всего в систему вертикального бронирования входило 138 сталежелезных и 24 сталеникелевых (для башен) плит, уложенных на деревянную подкладку из лиственницы примерно одинаковой с ними толщины. Для их крепления понадобилось 736 болтов. По проекту вес всей броневой защиты с подкладкой равнялся 2807 т или 29,8 % от проектного водоизмещения.
Всю броню для "Наварина" изготовил Ижорский завод. Исключение составили только 4 башенных плиты с вырезами для амбразур, имевших ширину 1,33 и высоту 1,6 м, которые сделали во Франции на заводе Сен Шамона.
Артиллерийское вооружение включало 40 орудий различного калибра. Самые мощные 4 305-мм орудия стояли в башнях довольно старой системы Кольза. До этого в русском флоте подобные башни в 1874 г. установили на "Петре Великом". Башни и орудийные станки для 305- мм орудий "Наварина" изготовили на Обуховском заводе в период с 1893 по 1894 г. Наибольший их диаметр (с броней) равнялся 77,1 м (диаметр башни по стойкам каркаса 67,6 м, внутренний 6,2 м), высота от нижнего основания погона под катки до крыши 5,49 м. Зазор между внешней частью ее брони и палубой составлял 25 мм и прикрывался от попадания в него воды специальной резиновой защитой-мамеринцем. Вращение башен и горизонтальное наведение орудий производили гидравлические приводы. Орудийные станки позволяли обеспечивать наведение стволов по вертикали в пределах 20° (угол снижения 5°, возвышения 15°).
4 305-мм (12-дюймовых) орудия, стоявшие в башне по два, так же, как и башни со станками изготовлялись на Обуховском заводе. Ствол каждого орудия длиной 10,7 м и весом 5569 кг состоял из основного (внутреннего с нарезами) стального цилиндра, скрепленного несколькими рядами стальных колец. Его наибольший диаметр (в казенной части) составлял 1387 мм, наименьший (у дульного среза) 567 мм.
Снаряд и два полузаряда в каморе ствола запирались клиновым затвором. Орудие стреляло тремя видами снарядов: бронебойными, фугасными и картечью. Боевой заряд пороха (два полузаряда) весил 86,4 кг. При проведении учебных стрельб применяли практические заряды (с 50% от боевого заряда пороха).
8 152-мм (6-дюймовых орудий) с длиной ствола 35 калибров, изготовленные к навигации 1894 г., стояли на бортовых станках системы Дуброва-Вавассера в броневой батарее верхнего каземата. В походе или во время шторма эти станки позволяли убирать внутрь орудийные стволы, и пушечные порты длиной всего 1,1 м наглухо закрывались ставнями. Как и 305-мм орудия, они могли стрелять бронебойными, фугасными снарядами и картечью.
305-мм и 152-мм орудия имели баллистические данные, боезапас и станки, подобные аналогичным орудиям броненосца "Император Александр II"(Более подробно см. книгу автора "Броненосец "Император Александр II"". СПб 1997 г.)
От атак миноносцев корабль защищали 14 47- и 12 37-мм одноствольных орудий. 8 47-мм орудий стояли за высоким фальшбортом (по 4 с борта) на палубе верхнего каземата. Остальные 6 47-мм орудий находились на мостиках. Все 37-мм орудия стояли на марсе.
Как и на всех кораблях российского флота, на "Наварине", для проведения десантных операций, находились 2 63,5-мм орудия Барановского.
В июне 1896 г. перед уходом в дальнее плавание в погребах и крюйт-камерах броненосца находилось 298 305-мм (232 снаряженных, 58 неснаряженных и 8 гранат картечи), 1270 152- мм (1070 снаряженных 152 неснаряженных и 48 гранат картечи) и чуть более 25900 снарядов для артиллерии малого калибра и 450 305-мм и 1112 152-мм зарядов.
Управление артиллерией производилось при помощи комплекса электрических приборов, разработанных лейтенантом Степановым. Это были боевые указатели, показывающие расчету орудия величину дистанции, направление на цель, род боезапаса и момент начала и окончания стрельбы.