После выхода из строя "Суворова" головным стал "Бородино". "Суворов", управляемый лишь с помощью машин, прорезал колонну кораблей между "Наварином" и "Нахимовым", едва не столкнувшись с одним из них. С "Наварина" его приняли сначала за вражеский броненосец, но лишь потом в его контурах с трудом распознали своего флагмана. Без мачт и труб "Суворов", весь объятый пламенем, представлял собой ужасающее зрелище. Кое- кто из наших кораблей по ошибке даже сделал по нему несколько выстрелов.
Тогда же в "Наварин" в район кормы попало два крупных снаряда, один с правого, другой с левого борта Стреляли японские броненосные крейсера адмирала Уриу. Эти попадания полностью разрушили кают-компанию. Начался пожар, который вскоре удалось потушить. Опасными оказались и две пробоины в борту у самой ватерл инин. Внутрь броненосца хлынули водяные потоки от набегавших волн. Спустя некоторое время обе пробоины заделали мешками с цементом, досками и пластырем. Поступление воды заметно уменьшилось.
Незначительные повреждения были в надстройках. Они произошли от осколков разрывающихся вблизи борта крупных японских снарядов. Один снаряд, видимо, предназначавшийся "Орлу", угодил в фор-марс. Его осколками тяжело ранило командира броненосца, и его пришлось унести в операционный пункт. В командование броненосцем вступил старший офицер капитан 2 ранга Дуркин. Во время дневного боя команда "Наварина" пострадала незначительно. На корабле в операционной, кроме командира, находились еще 20 человек.
Около 17 часов эскадра шла указанным З. П. Рожествеиским курсом NО-23°. Головным теперь шел "Бородино", за ним "Орел", "Наварин", "Нахимов", "Александр III", "Сисой Великий", "Николай I" и три броненосца береговой обороны. "Суворов", заметно отставший, покинутый "вождем- спасителем", разбитый и охваченный пожарами, в одиночестве отбивался от нападавших на него миноносцев.
Около 18 часов бой на короткое время возобновился. Теперь все удары японского флота принимал на себя "Бородино". Доставалось и другим кораблям. В 18 час. 50 мин. шедший теперь за "Нахимовым" и сильно пострадавший в дневном бою "Александр III" вышел из строя влево и, объятый пламенем, повалился на правый борг. Через двадцать минут настал черед "Бородино". Не выходя из колонны, также объятый огнем, он повалился на правый борт, а потом перевернулся вверх килем, и через несколько минут скрылся в волнах. Теперь головным оказался "Орел". В это время несколько снарядов угодило и в "Наварин". Была сбита одна труба. Но самым опасным являлось наличие крена в 5°. Вода медленно через неплотности в заделанных в корме пробоинах проникала в отсеки корабля.
Через несколько минут после захода солнца все исчезло в темноте. С вражеских кораблей еще раздалось несколько залпов. Японцы стреляли, ориентируясь по пламени пожаров на наших кораблях. Ночной покров спасал эскадру от артиллерийского града, приближая другую, не менее ужасную опасность – атаки множества миноносцев. После гибели "Бородино" в командование эскадрой вступил контр-адмирал Н. И. Небогатов, держа свой флаг на "Николае I".
Подняв сигнал: "Следовать за мной", флагман вновь лег на назначенный курс NО-23°, увеличив при этом ход до 13-14 уз. После 22 часов только один "Наварин" мог освещать уцелевшими прожекторами водную гладь, ища на ней миноносцы.
Вот что писал об этой фазе участник боя В. П. Костенко в своей книге "На "Орле" в Цусиме". "Из наших кораблей, шедших в колонне за "Николаем", пользовался прожектором только один "Наварин". Он светил во все стороны и часто освещал наши собственные впереди идущие корабли. Иногда в его лучи попадали и неприятельские миноносцы. Один из них был освещен на траверзе "Орла". Миноносец уже выпустил свои мины, был подбит, стоял на месте и сильно парил. Его положение было безнадежным. В луче света ясно вырисовывалась на мостике фигура командира, который, опершись локтем па колено, спокойно курил, рассматривая наши обходившие его корабли. Расстояние до него было около кабельтова.
Грянул выстрел из 10-дюймового орудия "Сенявина" сзади. Разрыв пришелся в центре борта, миноносец сломался пополам, обе его половины поднялись вверх, сложились вместе, и обломки поднесло к борту "Наварина". Он проследил за ними лучом прожектора, а когда обломки исчезли под водой, закрыл фонарь, и вся картина гибели врага потонула в ночном мраке".
С увеличением хода в неплотности заделанных у ватерлинии пробоин все сильнее начала поступать вода. Сначала залило всю кают-компанию, затем стали заполняться и смежные помещения. Задраенные водонепроницаемые двери уже не помогали. В корпус проникало все больше и больше воды. От этого "Наварин" заменю начал отставать от эскадры. В довершение ко всему в носовом котельном отделении топнула паровая магистраль, что повлекло к выходу из действия грех котлов. Скорость резко снизилась, и вскоре "Наварин" остался один. Поняв, что броненосец отстал, кружившие вокруг миноносцы начали действовать более дерзко.