В апреле "Наварин", стоящий без артиллерии среднего калибра, начали готовить к кампании. 1 мая 1903 г. на нем взвился вымпел, и корабль, заменивший броненосец береговой обороны "Адмирал Грейг", который стал на ремонт, совместно с броненосцами береговой обороны "Генерал-адмирал Апраксин", "Адмирал Ушаков", "Адмирал Лазарев" 18 мая ушел в Кронштадт. В июне 1903 г. порт начал готовить к отправке на Тихий океан эскадру из 14 кораблей. Но "Наварин" в нее не вошел и в составе Учебно-артиллерийского отряда участвовал в плановых учениях и стрельбах. 15 сентября 1903 г. броненосец окончил кампанию.
Кампания 1903 г. показала, что имелись неисправности и в машинах. Они плохо отрабатывали задний ход, с перебоями работали трюмные центробежные помпы. К этому следовало добавить, что многие площадки двойного дна имели дыры. Это означало, что ко всем конструктивным недостаткам, указанным С. О. Макаровым еще в 1895 г., отсутствовала и водонепроницаемость двойного дна.
В кампанию следующего 1904 г. командующий Учебно-артиллерийским отрядом контр-адмирал Д.Г. Фелькерзам "Наварин" просил не включать, поставив его на капитальный ремонт. "Кроме того, считаю своим долгом донести Вашему превосходительству, что запущенное состояние механизмов и их недостаточный ремонт зависел оттого, что этой зимой броненосец лишился инженер-механиков", – писал он управляющему Морским министерством.
Но, несмотря на это, в октябре на испытаниях корабль, имея в действии 11 котлов, развил ход в 15,5 узлов. Правда, в котлах опять обнаружили небольшую течь.
По настояни ю главного механика броненосец ушел в Кронштадт, а не в Либаву, как все корабли Учебно-артиллерийского отряда. Проведя детальное освидетельствование, в МТК пришли к заключению, что вполне надежные котлы постоянно текут "оттого, что на "Наварине" нет насосов для взмешивания воды, и при медленной разводке пара их корпуса нагреваются неравномерно, что дает незначительную деформацию и течь". В МТК считали, что, установив насосы для циркуляции ко гельной воды, течи удастся избежать.
Но все же их замена являлась необходимой, и МТК предложил заменить котлы строителю "Наварина" – Обществу Франко-Русских заводов. Но, видимо, замена огнетрубных котлов (прослуживших к тому же около 12 лет), не являлась столь доходной работой для частного завода, и руководство Общества от них отказалось. Менять котлы поручили заводу казенному – Балтийскому. Он в это время уже менял подобные котлы на "Александре II". Следующим по плану МТК шел "Наварин".
Одновременно с повторной чеканкой котлов начали ремонтировать башни и станки всех орудий. Сами орудия отправили на Обуховский завод. В январе 1904 г. МТК запланировал в течение следующей зимы заменить на "Наварине" котлы. Тогда же МТК решил заменить старые 152-мм орудия Обуховского завода , скрепленные проволокой, на новые 152-мм системы Канэ.
Но это решение комитета было уже запоздалым. С Дальнего Востока донеслись тяжелые вести о начале войны с Японией и первых поражениях.
Эти известия, приведшие зимой в оцепенение всю империю, весной сделали ее похожей на развороченный улей. В легкую победу в стране уже никто не верил. Морское же министерство, находившееся от войны за многие тысячи километров, как и подобает любому ведомству, где в подавляющем большинстве служат приспособленцы, заняло выжидательную позицию. В середине февраля 1904 г. по плану, утвержденному еще до войны, с "Наварина" сняли все катера и шлюпки, затем корабль в начале апреля поставили в док, где произвели замену бакаутовых подшипников у винтов.
В конце апреля на особом совещании у Николая II ставился вопрос о посылке на Тихий океан в помощь Порт-Артурской эскадре кораблей Балтийского флота. Назначили в поход и "Наварин", стоявший в Кронштадте без артиллерии и с разобранными машинами, Теперь в Морском министерстве, подстегнутые императором к выполнению такой ответственной задачи, как посылка за тысячи миль огромной эскадры, зашевелились, и из С.-Петербурга в Кронштадт посылалось бесчисленное множество телеграмм и распоряжений. Все происходящее тогда в главной крепости Балтики можно было назвать одним словом – хаос. Но все же кое-какие положительные сдвиги были.
В мае на "Наварин" установили отремонтированные станки и орудия главного калибра, восемь 152-мм орудий, а на спардеке четыре 75-мм орудия вместо прежних 47-мм, два из которых перенесли на крыши башен. Одновременно по указанию Гидрографического управления флота на "Наварине" решили смонтировать новую походную рубку из меди. Оказалось, что в течение всего времени его службы главный магнитный компас не удовлетворял своему назначению из-за того, что появился "застой картушки до 1,5 румба" (до 24°), и удерживать броненосец на курсе было нелегко. Этот недостаток обнаружили за девять лет до этого (в 1895 г.), сразу же после постановки стальной ходовой рубки.