В том же 1720 году в подчинение Брюсу передаются все крепости, т. е. фортеции регулярные готовые, — Петербург, Кексгольм, Нарва и Иван-город, Рига, Динамент, Перноф, Святаго Креста, Киев-на-Печерах, Архангельск; фортеции и цитадели строящиеся и планируемые для строительства — Шлиссельбург, Смоленск, Выборг, Кронштадт; малые цитадели — Пероволочна, Переяславль, Брянск, Павловский, Царицын, Луки, Чернигов, Новый Транжамент; города с башнями нерегулярные — Тобольск, Казань, Уфа, Астрахань, Псков, Новгород. Царский указ от 23 мая 1720 года гласит: «Великий Государь указал: все крепости и в них обретающихся артиллерийских служителей и артиллерию, амуницию, цейхгаузы и прочее, что к артиллерии принадлежит, с сего числа впредь ведать в Главной Артиллерии Генерал-Фельдцейхмейстеру и Кавалеру Господину Брюсу, так как и Санктпетербургския крепости у него ведомы суть. И о том обо всем изо всех мест репортовать его, и всякаго о том решения требовать от него, а ему о состоянии тех крепостей репортовать в Военную Коллегию, так как и о полевой артиллерии, по Воинскому уставу. А в каком состоянии те крепости и обретающиеся в них артиллерийские служители, артиллерия и прочее, что к оной принадлежит, о том всякаго надлежащего подлиннаго ведения требовать из тех губерний в артиллерию указами немедленно, дабы заблаговременно все крепости, которыя надлежит содержать, во всем, в чем пристойно, исправить и в порядок привести, о чем должен старание иметь Генерал-фельдцейхмейстер, как о том Воинский Устав повелевает».
Продолжает Яков Вилимович руководить Монетным двором, проводя денежную реформу, направленную на борьбу с фальшивомонетчиками. Эта борьба была довольно жесткой. Так, 5 февраля 1723 года Брюс лично объявил в Берг-коллегии указ об отсечении головы фальшивомонетчикам, которые, с «влитым в горло расплавленным металлом, не скоро умирают».
После отставки Брюса Монетный двор был выведен из состава Берг-коллегии.
7 мая 1724 года, при короновании Петром Великим Екатерины на престол как императрицы, генерал-фельдцейхмейстер Брюс в свите царских регалий нес перед государем императорскую корону. Его жена Марфа Андреевна вместе с княгиней Меншиковой, графиней Головкиной и княжной Трубецкой поддерживала шлейф императрицы.
В последние дни января 1725 года тяжело заболел царь. Брюс не только присутствовал во дворце со всею знатью, но и принимал участие в «конгрессе» первейших чинов империи, провозгласившем на рассвете 28 января императрицу Екатерину преемницей умершего императора, причем «в том же преждереченном конгрессе (повествует самовидец) от всех прошен Генерал-Фельдцейхмейстер Сенатор и Кавалер граф Яков Брюс, дабы принял на себя труд о обустроении погребения императорского, и принадлежащего к тому, по обычаю прочих в Европе государств. И его превосходительство, получив себе в помощь господина генерала Бона, и выбрав угодных к тому делу управителей и прочих помощников, також и вся к тому нужная изготовив и мастеров разных художеств созвав, со всяким тщанием ему врученное дело производил и исполнил». Так Брюс в звании верховного обер-маршала печальной комиссии отслужил свою последнюю службу Петру.
В память императора Яков Брюс разрабатывает рисунок к 1160 золотым (от 4 до 50 червонцев) и 10 900 серебряным медалям. Этот рисунок был представлен в Сенате 24 февраля 1725 года. В ходе обсуждения Сенатом он был принят за основу с некоторыми изменениями оборотной стороны медали — вместо «лежащих на земле корон и прочего» решено «быть столику и на нем скипетр и держава».
Кроме медалей, Я. В. Брюс разрабатывает церемониальные планы погребения Петра. Эти планы включали: реестр певчих при гробе, изложение указа императрицы Екатерины I о погребении Петра I и Натальи Петровны (дочь Петра Алексеевича умерла 2 марта и была похоронена вместе с отцом), порядок, как поступать при погребении (инструкция на 8 листах), план погребальной церемонии (на 13 листах, в виде раскладушки), донесения об участниках погребения, опись участников погребения, опись подданных, шедших в церемонии (всего 69 человек), церемонию шествия в рисунках.
В этом огромном труде (на 66 листах) Брюс расписал до мельчайших деталей все нюансы погребения императора.
Петр I был похоронен 10 марта. Работами по бальзамированию тела императора также руководил Яков Вилимович Брюс.
Вот как описывает похороны A.C. Чистяков: «На крепости вывешены были черные флаги, по Неве, вдоль мостков, стояло войско с белыми восковыми факелами в руках; народу было видимо-невидимо; Нева, набережная, окна и крыши домов были унизаны зрителями и у всех в руках были восковые свечи. После третьего сигнального выстрела гроб вынесли с церемонией и поставили под балдахином на великолепные сани, обтянутые черным бархатом с золотыми галунами и запряженные восемью лошадьми в черных бархатных попонах, вышитых золотыми государственными гербами.