Еще одна интересная встреча определила дальнейшую работу в качестве архивного исторического исследования. В 2004 году к 335-летию со дня рождения Я. В. Брюса Военно-исторический музей артиллерии, инженерных войск и войск связи города Санкт-Петербурга организовал трехдневную конференцию, в подготовке к которой принял участие дом-музей Я. В. Брюса. Именно к открытию конференции удалось подготовить совместное издание двух музеев и редакции журнала «Щелково» первый том «Архива генерал-фельдцейхмейстера Якова Вилимовича Брюса», т. е. публикацию личных писем Я. В. Брюса, хранящихся в архиве ВИМАИВ и ВС. Основная заслуга в реализации этого проекта принадлежит заместителю директора музея С. В. Ефимову и руководителю архива данного музея Л. К. Маковской. За прошедшие после конференции годы удалось издать еще три тома, каждый из которых охватывает примерно год жизни Брюса. В первом томе представлены письма за 1704–1705 годы, во втором — за 1706-й, в третьем — за 1707-й и, наконец, в четвертом, изданном в 2008 году, — за 1708 год. Это не просто публикация писем походной канцелярии. Каждый из томов открывается основательной вступительной статьей, охватывающей все события жизни Брюса, произошедшие в данном, представленном в томе году. Тексты этих вступительных статей использованы в данном издании.
Продолжились исследования родословной Я. В. Брюса. По поводу матери Якова Вилимовича выявилось интересное обстоятельство. Жительница Шотландии Ирина Лайс — потомок российских Брюсов, в девичестве Ирина Алексеевна Либерман, — обнаружила интересную информацию о том, что якобы Вилим Брюс выехал в 1647 году из Шотландии уже будучи женатым. И только после того, как ему удалось устроиться в России, обосноваться в Москве, к нему приехала его жена. Однако эта находка Ирины Алексеевны ставит много новых вопросов и в какой-то степени противоречит здравому смыслу. Если принять за основу тот факт, что в 1647 году, Вилим Брюс уже был женат, значит, его жене к моменту рождения Якова Вилимовича в 1669 году должно было быть около 40 лет. Более того, после смерти Вилима его вдова вышла замуж за Юрия Инглиса и родила по крайней мере двоих детей — Андрея и Елену, а ведь к тому времени ей должно было быть уже далеко за 50. Поэтому пока согласиться с версией о том, что Вилим был женат в 1647 году, нельзя. Все же более вероятной выглядит предположение, что он женился уже после выхода в отставку в 1660-е годы и его жена могла быть моложе мужа на 15–20 лет. Тогда объяснимо то, что она и во втором браке в 1680-е годы имела детей. Кстати, исследователь Д. Г. Федосов называет Юрия (Георгия, Джорджа) Инглиса драгунским полковником.