Однако «земля обетованная» встретила иностранцев сурово. При подходе к Архангельску корабль, на котором они плыли, затонул, и документы нанятых офицеров пропали. Состоявший в делегации И. Д. Милославского дьяк Иван Байбаков, занимавшийся оформлением прибывших, отметил о В. Брюсе, что «выехал он порутчиком из Галанской земли».
Надо отметить, что отношение к иностранным специалистам в то время в России было особое. И их прибытие в страну и даже заключенный договор на военную службу совсем не означал, что правительство будет исполнять свои обязательства перед иностранцами. О такой практике очень красноречиво повествуют письма Франца Лефорта, который прибыл в Архангельск в составе группы офицеров, нанятых на русскую службу, в августе 1675 года. Группе было сразу отказано в службе и в обратном возвращении. Четыре месяца (в зимнее время!) без содержания иностранцев продержали в Архангельске до решения дальнейшего вопроса об их судьбе, и только в декабре после челобитной, поданной на имя царя, иностранцам было разрешено выехать в Москву «на своих проторях и подводах». В феврале они прибыли в Москву, а 4 апреля им было вновь отказано в службе. Только к лету офицеры стали получать должности инженеров и военных специалистов.
Так и для группы офицеров, приехавших в Архангельск в 1647 году вместе с В. Брюсом, вопрос об их службе царю не был окончательно решен. После прибытия в Москву мытарства путешественников не закончились. Несмотря на то что 1 ноября был издан указ, в котором говорилось: «…бытии им ныне у Государя на дворе и видеть ево царские очи… маеору и капитаном… порутчиком… прапорщиком да солдатом, да стволовому мастеру… Государь велел спросить о здоровье и пожаловал к руке», условия для несения службы в Москве для многих иностранцев были неприемлемы. Дело в том, что многие из них прибыли в Россию с семьями.
С января по май 1648 года иностранные офицеры обращались к царю с «челобитными», в которых сообщали о невзгодах, приключившихся с ними на русской земле, о том, что они с женами и детьми вынуждены «болтаться меж двор, просить подаяния и нищенствовать». Они просили царя увеличить им содержание. Возможно, ввиду того, что Вилим Брюс прибыл в Россию один без семьи, он одним из первых согласился на те условия содержания, которые предложило новое отечество.
В качестве иллюстрации об отношении к иностранцам в Москве приведем отрывок из «Дневника» Патрика Гордона, прибывшего в Москву в 1661 году: «Здесь… я убедился, что на иноземцев смотрят как на сборище наемников и в лучшем случае (как говорят о женщинах) — necessaria mala
Поводом для такой оценки послужило то, что Патрик Гордон был обескуражен требованием от него взятки только за то, что дьяк должен был выполнить распоряжение боярина о выдаче жалованья ему и его подчиненным, также прибывшим служить в Москву. Вероятно, эти же проблемы оказались неразрешимыми и для группы иностранцев в 1647 году.
В течение семи лет службы в полку барона Ягана Лесли с жалованьем 5 алтын в день В. Брюс выше чина прапорщика не поднялся. Лишь в 1654 году началась военная карьера Вилима Брюса. Во время войны против Речи Посполитой он участвует в походе на Смоленск и быстро продвигается по службе. Об осаде Смоленска он писал: «…под Смоленском на многих выласках и на приступех был…», причем оказался в самой горячей точке сражения. «И за тое Смоленскую службу Великого Государя по имянному указу из капитанов пожалован в маеоры».
В следующем, 1655 году Вилим Брюс пожалован в подполковники и под командованием Иоганна Лесли участвовал в походе под Вильну, где поляки были разбиты и в конце июля 1655 года Вильна была взята.
В 1656 году начались военные действия против Швеции, напавшей с севера на Речь Посполитую. Брюс сообщает, что «во 7164 [1656] году из Москвы послан на службу Великого Государя под Ригу и з дороги из с под Полоцка з боярином Семеном Лукьяновичем Стрешним [Стрешневым] послан… под Динаборк…А из под Динаборка пришли под Куконаус и Куконаус приступом взяли.