Вторая поездка в Архангельск была более внушительной: 22 баржи, 300 человек свиты, 24 корабельные пушки, 1000 пищалей, множество бочек с порохом и еще больше бочек с пивом. Высшие морские чины получили ближайшие сподвижники: Ф. Ю. Ромодановский стал адмиралом, И. И. Бутурлин — вице-адмиралом, П. И. Гордон — контрадмиралом. Сам Петр избрал звание шкипера, намереваясь принять командование голландским фрегатом, заказанным Витзену.
Выезд из Москвы состоялся в конце апреля, и уже 18 мая флотилия Петра достигла Архангельска.
Первым делом Петр отправляется к месту строившегося там корабля и убеждается в том, что тот к спуску готов. Спуск состоялся 20 мая.
Именно тогда царь совершил знаменитое путешествие в Соловецкий монастырь, едва не завершившееся трагически. Только благодаря искусству местного кормчего Антипа Тимофеева, выведшего яхту «Святой Петр» в бурю через Унские рога — два ряда далеко вдающихся в море подводных камней — в Унскую бухту к Пертоминскому монастырю, трагедии удалось избежать.
Побывав в Пертоминском, а затем и Соловецком монастырях, 13 июня яхта «Святой Петр» вернулась в Архангельск.
Ожидаемый из Голландии корабль прибыл 11 июля и был назван «Святой Павел».
Обладая уже двумя кораблями на Белом море и ожидая прибытия третьего, Петр мечтает о постройке у Архангельска целого флота. Виниусу было поручено достать из Амстердама от того же Витзена чертежи и размеры голландских кораблей. Виниус, однако, не мог удовлетворить запросы царя. «Со вчерашнею, государь, почтою, — пишет он Петру 9 июля, — из-за моря бурмистр Витцен писал ко мне, что он в книге своей не описал меру о кораблях и о яхтах меры против кила для того-де, что той меры описать было невозможно, затем, что всякой корабелной мастер делает по своему рассуждению, как кому покажется, и чтоб для примеру доброго розмеривания изволил бы ваше царское величество указать розмерить тот корабль, на котором Ян Флам пошел к Городу и куплен про вашу, великих государей, потребу. А тот-де корабль зело хорош и розмерен зделан, и против того карабля розмеру возможно иные суды делать». Петр не соглашается с такими доводами, возражает, указывая на разные типы судов, чем выдает свои познания в кораблестроении. Встреченное на пути препятствие не уменьшает его движение к намеченной цели, и он продолжает настаивать на своем — «сыскать размеры судов разных типов».
Только находясь в Голландии и работая на судоверфях в Саардаме — центре кораблестроения Голландии, Петр поймет, почему Витзен прислал такой ответ. И это, кстати, будет поводом для вызова в Европу в состав Великого посольства Я. В. Брюса. Но будет это только в 1697 году.
Третий корабль прибыл в Архангельск 19 июля. Это был 44-пушечный фрегат «Святое пророчество», на котором впервые был поднят новый русский флаг — красно-синебелый, представлявший собой вариацию голландского флага (красно-бело-синий), под которым он пришел.
Кожуховский поход
В сентябре Петр возвращается в Москву и сразу начинает подготовку к очередной «марсовой потехе», вошедшей в историю как Кожуховский поход.