Подбор книг в целом очень хорош. По физико-математическим наукам, архитектуре, медицине, военным наукам литература была подобрана с большим знанием дела, причем Брюс был хорошо знаком с новейшей научной литературой.
Гуманитарные науки не были областью особого внимания Брюса. По числу исторических и философских книг библиотека Брюса была значительно беднее библиотеки его современника Д. М. Голицына, который специально подбирал книги по этим областям знания. Но и тут Брюс обнаруживает и знание предмета, и хороший вкус: в его библиотеке имелись классические исторические и философские произведения. Что же касается политической литературы, то кроме «Князя» Макиавелли мы не находим у него других известных политических трактатов.
Особое место в библиотеке Брюса занимают книги, связанные с оккультными и герметическими знаниями. Эта часть библиотеки Я. В. Брюса практически не освещена ни российскими, ни советскими исследователями, писавшими об истории науки и просвещения в России. Обычно они ограничивались краткими упоминаниями об этом бесценном собрании, отписками или вообще умалчивали о нем, что само по себе симптоматично. Например, в интересном во всех прочих отношениях исследовании «Наука и литература в России при Петре Великом» П. П. Пекарского нет об этой литературе ни слова. В работе советского ученого С. П. Луппова «Книга в России в первой четверти XVIII века» говорится: «Несколько слов об антинаучной литературе, имевшейся в библиотеке Брюса, хотя и в очень небольшом количестве. Эти книги по астрологии («Ключ к астрологии», Лондон, 1694), алхимии (Фауст. Алхимический лексикон; «Алхимия», Франкфурт, 1613), толкованию снов и другие». У другого исследователя Л. М. Хлебникова в статье «Русский Фауст» мы находим заявление, что «очень мало в библиотеке Брюса весьма популярных в средневековой науке и издававшихся в большом количестве книг мистического содержания по астрологии, хиромантии, физиогномике, белой и черной магии».
Не останавливаясь на подробном исследовании этой части библиотеки Брюса, отметим, что сейчас выявлено 73 книги из всей коллекции Брюса, имеющие отношение к оккультно-мистическим знаниям. Наиболее интересны труды А. Магнуса (Великого), Демокрита, Т. Парацельса, Р. Лулиуса, И. П. Румелия, А. Кирхера, Д. Кардани, Ф. Бэкона, И. Б. Порте и других ученых, занимавшихся философией, геомантией, астрологией и медициной. Данное исследование впервые опубликовано в 2003 году в моей книге «Яков Брюс».
Говоря о библиотеке Брюса, следует отметить, что это не коллекция, а рабочее собрание книг, необходимое его владельцу, которое полностью отражает области его научных интересов. Здесь почти нет случайных книг. Это библиотека научной литературы, библиотека ученого, а таких еще не было ранее на Руси. Начиная именно с Брюса этот тип библиотек будет встречаться все чаще и чаще, отражая быстрые успехи развития науки в России.
К сожалению, судьба библиотеки Брюса оказалась печальной.
Коллекция была перевезена в Санкт-Петербург. Причем после перевозки у Тайдемана обнаруживалась недостача в вещах Брюса, в которой он не мог отчитаться, и, видимо, в таких размерах, что после смерти Тайдемана (8 июля 1742 года) Академия наук назначила запрет на продажу его вещей до тщательной проверки книг и ценностей особой комиссией. Таким образом, уже в самом начале был причинен значительный ущерб библиотеке, да и урон ее целостности. Так что суждения о полном составе библиотеки как отражении интересов ее владельца могут делаться с ретроспективными поправками и носить относительный характер. К сожалению, на этом злоключения культурного наследства Брюса не закончились.
Академия наук приняла решение по существующей традиции разделить прибывшие книги по отраслям знания, а обнаруженные дублеты передать в академическую книжную лавку для продажи. Таким образом, уже в самом начале часть книг из собрания Брюса покинула стены Академической библиотеки. Это деление собрания Я. В. Брюса не было последним. В 1812 году, после пожара Москвы, часть дублетного фонда Академической библиотеки поступила в библиотеку Московского университета. До сих пор в ней хранится ряд книг с экслибрисом Я. В. Брюса из его библиотеки. Позже, в 1827 году, после пожара в Абосском университете и открытия нового университета в Хельсинки, два больших раздела по каталогу 1742 года (Камерному каталогу) — «Теология» и «Юриспруденция» — были подарены вновь открытому университету. Среди этих книг находились и издания, ранее принадлежавшие Я. В. Брюсу. В настоящее время они хранятся в библиотеке Хельсинкского университета. Там представлено около 30 томов из библиотеки Брюса. Таким образом, книжные богатства, ранее принадлежавшие Я. В. Брюсу, оказались в нескольких местах.