При его участии была организована Математическая навигационная школа в здании Сухаревой башни на основании указа Петра I от 14 января 1701 года.
В том же году Пушкарская школа A.A. Вейде была преобразована в Артиллерийскую. В указе об учреждении школ говорилось: «Велено на новом пушечном дворе построить деревянные школы и в тех школах учить пушкарских и иных посторонних чинов людей детей их словесной и письменной грамоте и цифири и иной инженерной науке, а выучась, без указа с Москвы не съехать, также в иной чин, кроме артиллерии не отлучаться».
Подобная же Артиллерийская школа была учреждена в Санкт-Петербурге в 1721 году.
Наряду с артиллерийскими школами были учреждены и школы инженерные. В Москве — в 1712 году, в Санкт-Петербурге — в 1719 году (инженерная рота). В 1723 году эти инженерные школы были объединены в одну — в Санкт-Петербурге.
Кроме того, в новой российской столице функционировала гарнизонная школа, где учились солдатские дети. При учреждении в Москве военного госпиталя (во главе его стоял голландец доктор Бидлоо) была открыта Медицинская школа, первый выпуск которой состоялся в 1713 году. Подобная же медицинская школа создается и в Санкт-Петербурге при учрежденном там в 1716 году военном госпитале. Здесь число учащихся доходило до 50 человек, доктор 3.3. Гульст преподавал анатомию, В. Гари числился оператором и учил «накладыванию бандажей». В 1719 году был основан Адмиралтейский госпиталь, где также имелись ученики, получавшие медицинское образование. Сохранился указ Петра от 23 мая 1719 года о прикомандировании к доктору Л. Блюментросту «для обучения лекарского» 30 учеников, знавших латинский и немецкий языки.
Обучение же иностранным языкам проходило в особых школах. В 1701 году возникла школа иностранных языков при Посольском приказе. В 1711 году эта школа была передана в ведение Приказа книгопечатного дела. Тогда она называлась «Разноязычные немецкие четыре школы» (имелись в виду четыре преподаваемых иностранных языка: немецкий, французский, шведский и латинский).
При Приказе книгопечатного дела существовала еще одна школа — греческого языка, возникшая в 1709 году.
Обучение иностранным языкам велось даже в далеком от центра России Тобольске. Голиков в «Деяниях Петра…» сообщает, что в 1713 году в этом городе была открыта школа, в которой пленные шведские офицеры обучали местную молодежь немецкому, французскому и латинскому языкам. Помимо того, преподавались геометрия и рисование. Школа получила большую известность, и учиться в нее приезжали даже из отдаленных городов.
Кроме того, создавались школы, дававшие начальное образование представителям различных социальных слоев. Так, учреждались школы при отдельных ведомствах для обучения своих сотрудников и их детей, а также создавались в губерниях и провинциях общеобразовательные, так называемые цифирные школы, в которых могли обучаться дети независимо от ведомственной принадлежности и положения родителей. Следует отметить, что школы первого типа отличались от цифирных школ, поскольку в них, кроме общего образования (чтение, письмо, счет и т. д.), обычно давались и специальные знания.
Нельзя обойти вниманием школы при горных заводах, к которым Брюс имел непосредственное отношение. В 1716 году была организована первая в России горная школа при Канцелярии Олонецких заводов. В школу набрано было 20 детей бедных дворян, которых учили арифметике, геометрии, рисованию, артиллерии, инженерному делу. Именно это учебное заведение имела в виду Канцелярия Олонецких петровских заводов, когда она в 1724 году на запрос Сената об имеющихся школах отвечала: «Никаких школ, кроме железных заводов и горных дел, не имеется».
В 1721 году по инициативе В. Н. Татищева на уральских казенных заводах были учреждены две школы (Уктусская и Кунгурская), в которые брали учиться лишь грамотных детей. В школах проходили арифметику, геометрию, основы горного дела. В дальнейшем Татищев на Уктусском и Алапаевском заводах учредил также «словесные школы» для обучения грамоте. В декабре 1721 года Татищев доносил Берг-коллегию, что всего у него обучается 50 человек.
Вильгельм де Геннин учредил в 1724 году школу в новом городе Екатеринбурге, ставшем центром уральской промышленности. Было решено в Екатеринбургской школе обучать арифметике, черчению, геометрии, а в прочих местах учредить лишь словесные школы. В связи с этим в Екатеринбургскую школу влились Уктусская и Кунгурская, а Алапаевская школа прекратила свое существование.
Еще одной из сторон обширной деятельности Я. В. Брюса были переводы. Рассказывая о военной карьере генерал-фельдцейхмейстера Брюса, мы уже касались некоторых его переводов, выполняемых даже во время походов.