Самая ранняя — «Степенная книга с добавлениями выписок из хронографов (от царствования Федора Иоанновича до царствования Василия Шуйского)». По всей вероятности, именно она была использована М. В. Ломоносовым при составлении «Краткого российского летописца» для изложения событий времен Ивана Калиты. Книга на полях имеет карандашные пометы, сделанные М. В. Ломоносовым. «Степенная книга…» написана была в 1671 году, о чем говорят экслибрис XVII века, помещенный на листе седьмом (об.) в разноцветной рамке. Этот рукописный экслибрис гласит: «Сия книга, глаголемая Степенная, Степана Герасимовича Дохтурова. Лета 7180 (1671) году, месяца сентебря в первый день». Кроме того, на листе 754 следующая запись: «Лета 7114 (1606) июня в 3 день на память великомученика Лукьяна», а на обороте этого листа: «Сия книга глаголемая Летописец Сильвестр Артемьевич Огибанов; Книга господня, глаголемая Летописец государя Ивана Федорова сына Михаила».
Заслуживает также внимания вторая рукопись — сочинение Федора Поликарпова «История о владении российских великих князей вкратце. О царствовании десяти российских царей, а наипаче всероссийского монарха Петра Алексеевича (тем именем) Первого и его войне против свейского короля Карола Второго на Десят пространнее описующая». В этой книге, написанной в 1715 году, автор подробно излагает историю России начиная с древних славян, описанных еще при Александре Македонском. Третья книга — «Лексикон латинский с русским толкованием речей» (№ 3 в каталоге). Четвертая — «Латинско-русский словарь».
Живя в Лондоне в 1698 году, Яков Брюс общался с крупнейшими учеными Королевского общества, впитывая все то новое, что было достигнуто научными исследованиями.
Ньютон, тогда уже признанный авторитет в научном мире, именно в 1680-е годы акцентировал свое внимание на астрономии и оптике. В 1671 году им был представлен в Лондонское общество зеркальный телескоп. В 1687 году появляется эпохальный труд Ньютона «Математические начала натуральной философии». И это определяет круг интересов Брюса в 1698 году: математика, механика, астрономия, оптика. Как уже отмечалось, во время пребывания в Англии он близко общался с директором Гринвичской обсерватории Джоном Флэмстидом. Этот ученый был принят в число членов Лондонского Королевского общества в 1676 году и вскоре стал королевским астрономом, работавшим в недавно построенной обсерватории в Гринвиче. Но она не была подчинена обществу, будучи сугубо частным королевским учреждением. К постройке обсерватории короля побудила надежда, что с ее помощью будет быстро найден способ определения долготы мест, столь необходимый для нужд мореплавания. Но хотя здание в Гринвиче было построено очень быстро, король относился к своей обсерватории с тем же пренебрежением, какое он проявлял и к научному обществу. За 15 лет не было куплено ни одного инструмента, и Флэмстид располагал лишь тем, что получал в дар от частных лиц. Лишь благодаря исключительной энергии и самоотверженному труду Флэмстида обсерватория в Гринвиче, которую он возглавлял до 1719 года, смогла начать серию замечательных по своей точности наблюдений. Через 150 лет В. Я. Струве назвал их «основой наших астрономических знаний». Пик расцвета деятельности этой обсерватории пришелся именно на конец 1690-х годов. При этом посчастливилось присутствовать Брюсу.
Неслучайно, вернувшись из Англии, он направляет научные устремления Петра, и не только в области астрономии. Брюс по праву становится консультантом царя в разных отраслях.
С. П. Луппов писал: «…Брюсу поручались должности, требовавшие инженерного образования и хорошего знания иностранных языков… Высокообразованных людей при дворе Петра было немного, и поэтому он стремился как можно лучше использовать знания каждого из них. Помимо исполнения высших государственных должностей, Брюс всегда имел от Петра много других поручений, главным образом, связанных с распространением просвещения в России. Он учреждал школы с инженерным уклоном, принимал непосредственное участие в развитии книгопечатания в России, вербовал иностранных специалистов на русскую службу, вел переписку с иностранными учеными».
Зная о потребности России в подготовленных и обученных специалистах, Я. В. Брюс активно участвует в создании первых таких школ. Причем он в качестве руководителя артиллерийского ведомства постоянно следит за состоянием обучения в школах и их материальным обеспечением. Так, например, 17 декабря 1708 года Козлов и Павлов донесли Брюсу, что «школьные ученики, которые учатца в ынженерной школе, у инженера Петра Грана, просили слезно: оный де инженер, тому ныне другой год науке учит малое число, и за детми его ездили в денщиках, и всяку домовную работу работают».
Первая такая специальная школа открылась в Москве в 1699 году. Это была Пушкарская школа A.A. Вейде. Одновременно с ней начала работать артиллерийская школа при бомбардирской роте Преображенского полка. Одним из активных организаторов этих школ являлся Я. В. Брюс.