После капитуляции Третьего рейха Шнауфер вместе с остатками NJG4 попал в плен к англичанам.
В мае на аэродром Эггебек приехала группа из двенадцати офицеров департамента авиа-технической разведки министерства авиации Великобритании. Ее возглавлял один из наиболее успешных ночных асов RAF коммодор Родерик Чисхольм (Roderick Chisholm). В своей книге «Cover of Darkness», опубликованной в 1953 г. в Лондоне, он писал:
«Во время нашей инспекции аэродрома мы натолкнулись на ночной истребитель „Мессершмитт-110“, руль которого был покрыт отметками об уничтожении британских бомбардировщиков, каждая из них представляла крошечную эмблему RAF и силуэт самолета в плане. Имелась 121 отметка, и на каждой небольшими буквами были тщательно написаны тип самолета и дата. Когда появились немцы, мы спросили относительно этого самолета. Они сказали, что это самолет, на котором летал командир эскадры майор Шнауффер [фамилия была написана именно так]. Он был здесь, ас Шнауффер, и ожидал, когда мы его допросим.
В полдень мы начали допрашивать экипажи, начиная с грозного майора Шнауффера. Он вошел, четко отдал честь и попросил разрешения сесть. Это был красивый человек, внешне выглядевший довольно нежным, на его шее висел высший орден Железного Креста с красивым бантом, усеянным бриллиантами. На следующий день ношение наград должно было быть запрещено, и я почувствовал, что сочувствую ему.
Он добился больших успехов для своей страны и был поднят на пьедестал публичного признания, теперь же был сброшен вниз и лишен возможности носить свои награды.
Я задавался вопросом, что с ним будет после освобождения из плена? Это было неизбежное сентиментальное направление моих мыслей, и чтобы сохранять равновесие, необходимо было вспомнить неописуемые условия, в которых содержались русские пленные в лагере, находившемся на территории этого аэродрома, и что за этот аэродром экс-командир был ответственным. Мы были победители, а они побежденные, и все они были частично ответственны за эти ужасы и теперь должны были оправдываться кто как мог. Так что мои чувства снова затвердели, и я слушал то, что майор Шнауффер говорил.
Он выразил сожаление, что был ответственен за смерть многих прекрасных людей, – это были «крокодиловы слезы», – и в той обстановке едва ли это могло быть правдой. Он утверждал, что это неравное соревнование потому, что, как только истребитель вступал в контакт, гибель бомбардировщика была неизбежна. (Он утверждал, что сбил семь и видел еще намного больше бомбардировщиков одной ночью.) Тем не менее он признавал, что оборонительный маневр «спираль», который был рекомендован всем, но который, к сожалению, не все выполняли, был полностью эффективен темной ночью и что однажды он после сорока пяти минут должен был прекратить преследование. Он показал глубокое знание нашей тактики и нашего оборудования, и было ясно, что он мастер в своем деле.