Несмотря на все чрезвычайные обстоятельства войны, Вернер Мёльдерс по-прежнему оставался спокойным и серьезным человеком. Большая работоспособность и человеческие качества очень помогали ему в административной работе и в управлении эскадрой. Он требовал от своих подчиненных соблюдения на войне солдатского и рыцарского кодекса чести. Так, в один из дней он был очень сильно поражен, когда узнал, что командир I./JG51 обер-лейтенант Герман-Фридрих Йоппин во время полета над британским побережьем обстрелял обычный пассажирский поезд. После возвращения на аэродром обычно выдержанный и спокойный Мёльдерс, схватив Йоппина обеими руками за грудь, в очень резкой форме приказал вызубрить различия между военными и гражданскими целями.
Позиция Мёльдерса как командира хорошо видна из следующих его слов
В начале октября в JG51 прибыли три предсерийных истребителя Bf-109F-0. 9 октября Мёльдерс совершил первый боевой вылет на истребителе с серийным номером W.Nr.5628. Затем после полудня 11 октября он одержал на нем первую победу, сбив в бою в районе Фолкстона «Спитфайр» Mk.I X4562 из 66 Sqdn. RAF. Его пилот пайлэт-офицер Пикеринг (J. H. T. Pickering) получил ранение, но все же смог выпрыгнуть на парашюте.
12 октября жертвой Мёльдерса сначала в 10.40 в районе местечка Лимп, в 9 км западнее Фолкстона, стал «Харрикейн» Mk.I V7426 из 145 Sqdn. RAF. Его пилот флайт-сержант Торпе (P. Thorpe) не пострадал и выпрыгнул на парашюте. Спустя три минуты уже в районе Кентербери Мёльдерс сбил еще один истребитель из той же эскадрильи – P3896. На этот раз пилот флайт-сержант Уодхэм (J. V. Wadham) погиб, получив пулевое ранение в голову.