В ходе ожесточенных боев, артиллерийского обстрела многие крепостные сооружения, в особенности кирпичные здания, сильно пострадали. От одних остались груды развалин, от других — обгоревшие коробки. Внутри Цитадели были почти полностью разрушены здание бывшего Инженерного управления и Белый дворец, в руины превратилось здание красноармейского клуба, в груды развалин — казармы 333-го стрелкового полка и 9-й погранзаставы. Пострадала и кольцевая казарма: обрушились ее стены в северо-западной и северо-восточной частях от Белостокских до Брестских ворот, у Тереспольских ворот, к востоку от Холмских ворот. На Волынском укреплении остались обгоревшие коробки здания госпиталя, на Кобринском — развалины жилых домов командного состава. Во многих крепостных сооружениях обрушились своды подвалов и казематов.
Большинство участников обороны погибли в бою или в немецком плену. Лишь немногим из них удалось вырваться из кольца и продолжать борьбу на фронтах, в партизанских отрядах. Некоторые, бежав из плена, принимали участие в движении Сопротивления стран Европы. До Победы дожили около 400 человек.
Оккупация Бреста продолжалась более трех лет. Сразу же было введено немецкое военное управление, которое существовало до 1 сентября 1941 г. Большая часть Брестской области, согласно новому административно-территориальному делению, вошла в состав рейхскомиссариата «Украина». Северные районы были отнесены к Восточной Пруссии. Немецкий и украинский языки объявлялись государственными. Практически все улицы Бреста были переименованы на польский либо немецкий лад. Так, одна из центральных улиц города стала называться улицей 45-й дивизии, а затем Адольф Гитлер-штрассе.
В помощь оккупационным властям немцы образовали местное городское управление — магистрат и полицию, в которых большинство руководящих мест занимали поляки и украинцы. Новая власть начала свою деятельность с переписи населения. По ее данным, в ноябре 1941 г. в Бресте насчитывалась 51 тысяча человек. Все мужчины в возрасте от 16 до 60 лет обязаны были стать на учет в комендатуре. Неявившиеся объявлялись дезертирами и подлежали смертной казни. Приезжие, в том числе женщины, за которых не мог поручиться бургомистр, направлялись в лагеря военнопленных. Таких лагерей в округе было четыре: у Северных ворот крепости, на улице Пушкинской, возле деревни Речица, в так называемых «красных казармах» и в Южном городке. Только в последнем содержалось около 12 тысяч красноармейцев и командиров, в том числе участники обороны крепости и укрепрайона. К началу зимы половина из них вымерла от голода и болезней.
В декабре еврейское население Бреста было переселено в гетто, а в марте 1942 г. было создано гетто для «восточников» — советских граждан, приехавших в Западную Белоруссию после 1939 г. Их гоняли строем на расчистку территории крепости и уборку трупов. С апреля 1942 г. в крепости размещались склады, немецкие, венгерские и итальянские воинские части.
Еще 26 августа 1941 г. рейхе комиссар Украины Эрих Кох обнародовал политическую программу, из которой стало ясно, что нацисты не собираются признавать партнерами ни прибалтийские, ни украинское и русское антибольшевистские правительства. У покоренных народов было только одно право: обслуживать интересы германской нации. Освобожденные от «химеры совести» арийцы методично уничтожали коммунистов, советских работников, активистов, «восточников», евреев, цыган, мусульман, «бандитов», заложников и просто попавших под руку славянских и неславянских «недочеловеков», очищая жизненное пространство для «расы господ». Местами массовых расстрелов жителей Бреста стали форты II и III, промежуточная казарма в районе форта VIII.
Начиная с осени 1942 г. немцы стали организовывать облавы на людей и насильственно вывозить их на работу в Германию. В октябре была проведена акция по «окончательному решению еврейского вопроса». С 15 по 18 октября гетто было ликвидировано, вместе с ним уничтожено 18 тысяч человек.
За время господства «нового порядка» население Бреста сократилось в 3,5 раза. В брестских лагерях военнопленных были замучены 30 тысяч человек.
Действия оккупантов, проводивших политику устрашения и таким образом воспитывавших у населения «уважение к немцам», лишь усиливали сопротивление. В октябре 1943 г. окружной сельскохозяйственный руководитель докладывал о том, что «1/3 территории Брестского округа находится в руках банд, откуда хлебопоставки можно получить только с применением военной силы вермахта». В самом городе действовало советское и польское антифашистское подполье и диверсионные группы.