После полудня 27 июня 45-я дивизия применила против Восточного форта трофейные танки, которые подходили почти вплотную и вели огонь по бойницам и окнам, «русские значительно присмирели, однако до победы над ними было еще далеко». На следующий день к танкам присоединилось приведенное в исправность штурмовое орудие — с тем же результатом. Попробовали вести огонь из 88-мм зенитной пушки, но это не дало желаемого эффекта. Супертяжелые «Карлы», действия которых генерал-инспектором артиллерии были оценены как весьма эффективные, к этому времени, расстреляв почти весь боезапас, закончили свою работу и были выведены из подчинения дивизии. Для подавления последнего организованного очага сопротивления «фанатичных русских» генерал запросил помощь авиации, и 2-й авиационный корпус выделил эскадру пикировщиков. Пехота, обозначив цель белыми полотнищами, отошла за внешний вал Северного острова. С наступлением темноты форт осветили лучами трофейных русских прожекторов.
Утром 29 июня пятерка «юнкерсов», поднявшаяся с аэродрома Малашевичи, подвергла Восточный форт прицельной бомбардировке 500-кг бомбами. Однако возведенные Тотлебеном казематы ничуть не пострадали, форт продолжал огрызаться огнем. В немецком штабе начали всерьез прорабатывать идею выкуривания защитников с помощью бочек с бензином и маслом. Их предполагалось скатывать в ров и поджигать ручными гранатами и зажигательными пулями.
Воздушная бомбардировка продолжалась и во второй половине дня. Наконец, около 18 часов пикировщик угодил 1800-кг бомбой в каземат, в котором находился склад боеприпасов 333-го полка. Взрыв потряс не только крепость, но и город. Через два часа большая часть защитников Восточного форта (по немецким данным, 389 человек) сдалась в плен. В отчете о взятии Брест-Литовска говорится, что «разрешение на сдачу красноармейцы получили от своего руководителя, майора. Они абсолютно не были потрясены, выглядели сильными и хорошо накормленными и производили впечатление дисциплинированных». В этой ситуации старший сержант P.K. Семенюк, рядовые И.Д. Фольварков и Тарасов закопали в одном из казематов знамя 393-го отдельного зенитно-артиллерийского дивизиона. На рассвете 30 июня немцы заняли форт, но некоторым красноармейцам удалось укрыться в подземных убежищах. Майора и комиссара, руководивших обороной, найти не удалось, пленные сообщили, что они застрелились.
30 тоня немцы тщательно прочесали Восточный форт, собрали своих убитых, труднодоступные помещения выжгли огнеметами.
Командование 45-й дивизии еще раз доложило о взятии крепости. В донесении указывалось число взятых в районе Брест-Литовска пленных — 7223 человека, в том числе 101 командир, а также перечислялись захваченные трофеи: 14 576 винтовок, 1327 пулеметов, 394 пистолета и револьвера, 103 орудия, 27 минометов, 107 походных кухонь, 36 танков и гусеничных тракторов, запасы гужевого транспорта, склады… Среди трофеев оказалось знамя 132-го конвойного батальона войск НКВД.
Таким образом, к концу июня организованное сопротивление в крепости было подавлено. Мелкие группы и отдельные бойцы делали вылазки по ночам, пытались выйти из окружения, либо отсиживались в подземельях, ожидая снятия блокады. Вечером 30 июня 45-я пехотная дивизия получила новую задачу: «Часть подразделений продолжает очистку и осмотр крепости, остальные силы дивизии должны быть приведены в состояние готовности к маршу». После церемонии прощания «с павшими героями» дивизия, вошедшая в состав 35-го армейского корпуса, 2 июля покинула Брест и была направлена в район Пинска на прочесывание припятских болот. Ее сменили охранные части (502-й батальон).
Несмотря на то что командование 4-й немецкой армии доложило о взятии крепости к 30 июня, в самых различных ее частях днем и ночью завязывалась перестрелка, раздавались взрывы гранат. В подвалах Белого дворца, Инженерного управления, клуба, казармы 333-го стрелкового полка, казематах Кобринского укрепления держались последние защитники.
Рядовой музыкантского взвода Ф.П. Дзех сообщил, что участвовал в обороне района Тереспольских ворот и был захвачен в плен 6 июля. Рядовой химвзвода 455-го стрелкового полка Е.М. Василевский рассказал, что в их группе осталось семь человек: «…полуживые, голодные, боеприпасов нет. Решили выйти из крепости. Переплыли Мухавец и…были пленены». Это случилось, приблизительно 9–10 июля.