«После моего формального отказа заниматься долее подземными проводами, устройство такой линии вдоль Николаевской железной дороги в Москву было вверено иностранцу. Известно, что эта линия не прослужила даже двух лет и что она заменена в настоящее время воздушною линией. Не подлежит сомнению, что если бы я причинил казне такого рода бесполезные издержки, достигавшие от 200 до 300 тысяч рублей, то мое положение было бы сильно скомпрометировано, тем более если бы я имел неосторожность принять на себя какую-либо ответственность в успехе, доверившись появлявшимся с упорством за границей сообщениям относительно высокой степени совершенства этих проводников. Но более странно то, что, несмотря на мои предупреждения, к постройке подземной линии в Москву приступили уже тогда, когда в Пруссии такие линии на опыте дали настолько неблагоприятные результаты, что решено было отступиться от этой мысли. Утешение находили, правда, в обвинении единственно мышей, приведших эту линию до плачевного состояния. При этом, вероятно, предполагали, что эта порода грызунов, портящих не только гуттаперчевую изолировку, но и самую медную проволоку, или вовсе не существует в России, или имеет здесь другие занятия…»
«Синопское сражение». Художник И. Айвазовский.
После отстранения от телеграфных работ Якоби направил все свое внимание на электроминное дело, возглавив подготовительные мероприятия по устройству защиты Балтийского побережья. Как говорилось ранее, еще П. Л. Шиллинг за много лет до этого обратил внимание русского правительства на то, как важно научиться использовать электрический ток во взрывном деле, а также провел ряд опытов, подтверждающих эту мысль. Занимались этой идеей и представители военного ведомства, в частности генерал К. А. Шильдер, по инициативе которого в ведомстве также были предприняты опыты. Для продолжения данных разработок генерал и обратился к Якоби, Ленцу и Соболевскому. В своем рапорте генералу-инспектору по инженерной части в гвардейском корпусе великому князю Михаилу Павловичу он писал так:
«Вследствие предписания вашего императорского высочества от 10 сего сентября касательно усовершенствования вообще способа воспламенения мин посредством гальванизма я обратился немедленно к гг. корпуса горных инженеров полковнику Соболевскому, профессору Дерптского университета Якоби и академику коллежскому советнику Ленцу, имеющим наилучшие сведения по сей части, из которых г. Якоби исключительно занимается электромагнетизмом, прося их об оказании содействия своего в составлении подробного наставления об улучшении способа составления гальванического снаряда и проводников, для чего приготовляется мною для сих лиц описание способа гальванического воспламенения мин в теоретическом и практическом отношении, употребляемое у нас со времени первоначального применения оного покойным бароном Шиллингом и до сего времени; на каковое предложение мое полковник Соболевский, профессор Якоби и академик Ленц изъявили готовность свою содействовать по возможности к усовершенствованию гальванических снарядов».
Ценность минирования как средства обороны гаваней и портов была подтверждена, и ученый совместно с морской учебной гальванической командой создал минное поле из двух групп телеграфических мин по пять в каждой.
И вновь Борис Семёнович попал в ситуацию конкурентных интересов, на этот раз со стороны известнейшего изобретателя Э. Нобеля. Дело в том, что Нобель создал пиротехнические мины с сернокислотным запалом и предложил их русскому правительству. В 1843 году ему было отпущено 13 тыс. руб. серебром на устройство минного перемета длиной 500 саженей, однако хороших результатов в этом деле Нобель не достиг. При этом ученого поддерживали многие консерваторы, в том числе А. С. Меншиков, благодаря которым он добился новых ассигнований для испытаний якобы усовершенствованной им минной системы.
На сторону Якоби встал главный командир и военный губернатор Ревельского порта генерал-адъютант Ф. П. Литке. Под его наблюдением в 1852 году были проведены учения с минами Якоби, по итогам которых Комитет о подводных опытах признал, что система обороны портов Якоби как в теоретическом, так и в практическом отношении действенна. Кроме того, комитет предложил приступить к формированию постоянных практических команд по работе с минным оружием, что и было реализовано.