Все вышеперечисленные работы Б. С. Якоби являлись совершенно секретными, их описание не появлялось ни в каких печатных источниках. Это вызвало несколько казусов. Во-первых, 31 января 1842 года академики М. В. Остроградский, П. Н. Фусс, В. Я. Струве и Э. Х. Ленц представили физико-математическому отделению Петербургской академии наук кандидатуру Якоби для избрания в экстраординарные академики. Но гениальный ученый не был избран: не хватило одного голоса. Сторонники Бориса Семёновича посчитали, что Якоби не был избран только из-за того, что его достижения были изложены Общему собранию слишком кратко. И действительно: работ ученого, о которых можно было рассказать в академии, оставалось не так уж много. После того как физико-математическое отделение внесло на Общем собрании академии разъяснения о заслугах Якоби, 12 июня 1842 года Борис Семёнович был утвержден в звании экстраординарного академика по части прикладной математики. Позднее, в 1846 году, ученый был утвержден и в качестве ординарного академика по технологии и прикладной химии.
Кроме того, из-за секретности, окружавшей изобретения Якоби, в его жизни вновь остро встала проблема оспаривания другими учеными его приоритета в создании определенных разработок. Так, К. Штейнгель приписывал себе первенство в открытии электропроводимости земли. И только когда Борис Семёнович предъявил физико-математическому отделению академии определенные выдержки из протоколов, письма и статьи, его признали первым, открывшим электропроводимость воды и земли на большие расстояния в реальных условиях эксплуатации.
В целом разработки Якоби оказались так ценны, что комитет получил указ о проведении окончательного представления опытов над подводными минами и последующей передачи данной технологии морскому министерству. Однако, как увидим далее, определенные события не только помешали дальнейшему развитию данной области, но и отвлекли ученого Якоби от научной деятельности в целом.
При этом доподлинно известно, что мины, установленные Якоби, сыграли значимую роль в защите Кронштадта от нападения неприятельского флота. В своей автобиографии, изложенной в цитированной записке министру финансов 1872 года, Якоби писал:
«У нас в России, гораздо ранее, чем где бы то ни было, было обращено внимание на громадные вспомогательные средства, которые может доставить применение гальванизма и электромагнетизма в деле обороны крепостей и в телеграфном деле. Знакомый со всеми достигнутыми в этом отношении наукою успехами и снабженный результатами собственного исследования и опыта, нижеподписавшийся мог серьезным образом воспользоваться наследием барона Шиллинга. При содействии отличных сотрудников нижеподписавшемуся удалось известные применения гальванизма к этому делу усовершенствовать практически настолько, что применения эти сделались предметом особой организованной отрасли военной службы… Усовершенствования дали возможность употребить эти гальванические торпедо под управлением нижеподписавшегося при блокаде Кронштадта 1854–1856 годах и тем воспрепятствовать приближению неприятельского союзного флота, предупредив таким образом бомбардирование Кронштадта и могущие произойти от того важные потери и повреждения».
Годы путешествий
«Гальванопластика, гальваническое золочение и серебрение получили в Париже колоссальное распространение. В настоящее время можно сказать, что накладной металл почти перестал применяться».
Следующие годы жизни были тяжелыми для Б. С. Якоби. Эпидемия холеры невероятно быстро стала распространяться по России, а к 1848 году достигла и Петербурга. Медицина была беспомощна, никаких действенных средств против болезни не существовало. Борис Семёнович и в этом вопросе проявил свой незаурядный ум и рассудительность, превзойдя в логике суждений многих медиков. В его письме Карлу есть следующие слова по этому поводу: «К сожалению, врачи не физики и слепы в отношении того, что представляется несомненным, а именно то, что зараза миазмически размножается и больной индивидуум представляет собой в известной мере лабораторию, где образуются миазмы». Что интересно, догадка Якоби полностью подтвердилась после разработки методов микробиологии, после чего Р. Кох в 1883 году смог открыть носителя холеры.