Обвинения в адрес Бориса Годунова в том, что он «переписал» текст грамоты из Углича, остаются недоказанными. Несомненно другое: Борис сразу же, как это было и при других важных обстоятельствах, взял всё дело в свои руки. Врагам Годунова могло показаться, что он стремится скрыть следы своего преступления. Но для этого было много других способов, Борис же зачем-то выбрал самый сложный и опасный для себя, назначив следствие, результаты которого потом были рассмотрены на соборном заседании с участием Боярской думы и церковного собора. В таком беспрецедентном гласном разбирательстве, напротив, можно увидеть попытку Бориса Годунова защититься от обвинений, прозвучавших в Угличе, — а об этих обвинениях он, несомненно, узнал одним из первых! Но и пустить всё на самотек он тоже не мог, включив в комиссию надежного и преданного ему человека — окольничего Андрея Петровича Клешнина. Так предусмотрительность Бориса Годунова обернулась против него самого.
Во главе следственной комиссии в Углич поехал, как говорилось, боярин князь Василий Иванович Шуйский. Когда-то Шуйские, Годуновы и Нагие вместе входили в состав «особого двора» царя Ивана Грозного, вместе пировали на царской свадьбе с Марией Нагой. Однако за прошедшие десять лет многое изменилось. Всех их Борис Годунов сумел оттеснить от трона, а князь Василий Шуйский был только что возвращен из опалы, впервые после значительного перерыва появившись при дворе на Пасху 1591 года. И едва ли не первой его службой по возвращении в Думу стала поездка в Углич для следствия по делу царевича Дмитрия. «Новый летописец» так писал о чувствах, охвативших его при новой встрече с Нагими, случившейся при столь печальных обстоятельствах: «Князь же Василий со властьми приидоша вскоре на Углеч и осмотри тела праведного заклана и, помянув свое согрешение, плакася горко на мног час и не можаше проглаголати ни с кем, аки нем стояше». О чем плакал боярин князь Василий Шуйский, неизвестно; летописец обвиняет его в том, что он пристрастно вел следствие, расспрашивая жителей Углича о царевиче, «како небрежением Нагих заклася сам». В ответ угличане якобы «вопияху все единогласно, иноки и священницы, мужие и жены, старые и юные, что убиен бысть от раб своих от Михаила Битяговского по повелению Бориса Годунова с ево советники». Князь же по возвращении в Москву «сказа царю Федору неправедно, что сам себя заклал» [337]. Однако вердикт комиссии опирался на материалы следствия, из которых достаточно очевидно вытекала картина стихийного возмущения жителей Углича, большей частью слышавших о гибели царевича со слов Нагих и расправлявшихся с предполагаемыми «убийцами» по указанию царицы Марии и ее братьев. Непосредственные свидетели происшествия детально и правдоподобно рассказывали о несчастном случае с царевичем Дмитрием. Можно было бы подумать еще, что «Угличское следственное дело» подверглось позднейшей фальсификации, но доказательств этому до сих пор не обнаружено.
В 1591 году Нагие вынуждены были признать свою вину, а царица Мария била «словесно» челом об этом митрополиту Геласию. На род Нагих была наложена опала, мать умершего царевича Дмитрия царицу Марию Нагую постригли в монахини и сослали в отдаленный монастырь. Несколько десятков семей посадских людей угличан выслали в новый сибирский город Пелым. Автор «Нового летописца» возмущался тем, что Борис Годунов позаботился о вдовах убитых людей и честном, христианском погребении жертв угличского мятежа: «Тех же окаянных и убойцов повеле хранити и погрести их окаянное тело честно; тое же окаянную мамку Волохову и тех убойцов жен устроиша: подавал и жалование многое и вотчины» [338]. Но было бы подозрительным, если бы Годунов, напротив, согласился с тем, что жертвы мирского выступления в Угличе должны быть погребены в «поганой яме» или на Божедомке. Для Годунова нет мелочей: он жалует тех, кто, по его мнению, неправедно обвинен. С другой стороны, ссылаясь на заставы от морового поветрия, он предусмотрительно распорядился погрести тело царевича Дмитрия в Угличском Спасо-Преображенском соборе — центре его удела, а не в Архангельском соборе Кремля.