Во время ливонских походов Ивана Грозного и его сыновей в 1577–1578 годах кравчий Борис Годунов и боярин Дмитрий Иванович Годунов оставались далеко от театра военных действий. С лета 1577 года им поручено было находиться при царевиче Федоре Ивановиче в Новгороде [169]. Пока Иван Грозный успешно воевал в Ливонии и брал там один город за другим, на поле брани отличались совсем другие его приближенные, например, ставший царским оружничим Богдан Бельский, получивший в награду от государя золотой «португал» и золотую цепь [170]. Однако служба Бориса Годунова при царевиче Федоре оказалась не менее значимой для его утверждения в царском окружении. К тому же в сражениях Ливонской войны участвовали многие другие члены рода Годуновых. Они вошли в «особый» Государев двор и упоминались на службе в высоких чинах. Например, Степан Васильевич Годунов служил окольничим «перед государем». Другие представители старшей ветви рода упоминаются в дворянах — Яков Афанасьевич Годунов, Григорий и Иван Васильевичи Годуновы. Дворянином был также Федор Иванович Годунов (сын старшего брата отца Бориса Годунова и, возможно, старший брат Дмитрия Ивановича Годунова; по родословцам он умер «бездетным»). В царских стольниках записаны младшие члены рода — Андрей Никитич Годунов (тоже двоюродный брат Бориса Годунова), Яков и Константин Михайловичи Годуновы, Никита и Петр Васильевичи Годуновы [171].
Царь Иван Грозный вернулся с сыновьями царевичами Иваном и Федором в Москву после успешного ливонского похода 30 ноября 1577 года [172]. Весь следующий год разрядные книги не упоминают о царском кравчем Борисе Годунове. Но его придворная служба продолжалась. В это время, например, царь принимал посольство Якова Ульфельдта в Александровой слободе. Описывая прием послов, датский дипломат в своих позднейших записках упомянул об окружавших царя «боярах» (так обычно называли всех приближенных царя, а не только носивших думный чин), встречавших иноземцев в богатых одеждах. Среди них должен был быть и Борис Годунов. Царя Ивана Грозного продолжала заботить судьба Ливонии, но в 1578 году все его предыдущие победы пошли прахом из-за успешных действий короля Речи Посполитой Стефана Батория, отвоевавшего обратно многие ливонские и литовские города. Эта неудача, конечно, повлияла на Ивана Грозного, не любившего сопротивления своей воле и стремившегося «всех и вся» сделать «государскими» (как выразился однажды Богдан Бельский о ливонском короле Магнусе). Бориса Годунова, хотя и участника ливонского похода, но остававшегося вместе с царевичем Федором в тылу царского войска в Новгороде, гнев Ивана Грозного миновал. Он только выигрывал от своего пребывания рядом с царевичем Федором, потому что царь все больше раздражался на неудачливых воевод. Для некоторых из них, как, например, для князя Василия Андреевича Сицкого, убитого в Кеси, даже смерть не могла искупить вины в глазах Грозного.
25 декабря 1578 года, в Рождество Христово, у царя в честь праздника был «стол», на котором случился новый местнический спор Годуновых и князей Сицких. Назначенный «стоять у стола» вместе с кравчим Борисом Годуновым князь Иван Васильевич Сицкий бил челом «о местах» сразу на старшего брата Бориса Годунова Василия (умершего к тому времени, но не выбывшего из родословного счета). Борис Годунов, уже однажды побеждавший князей Сицких в местническом споре, придумал «адекватный ответ». Он бил челом сразу на отца челобитчика, князя Василия Андреевича Сицкого. Царев боярин совсем недавно, 21 октября 1578 года, погиб, неудачно обороняя Кесь (Венден) от литовских войск. За год до этого именно в Кеси Иван Грозный пережил один из своих главных триумфов в ходе Ливонской войны: он устроил победный «стол», на котором принимал почетного литовского пленника князя Александра Полубенского, отпущенного затем в Литву. Поэтому сдачу Кеси он пережил особенно болезненно. Понимал это и Борис Годунов, удачно побив челом о местах на того, кто заслуживал казни в глазах царя. Да и сам боярин князь Василий Андреевич Сицкий, как все безусловно знали, уже не мог за себя ответить. Закономерным итогом стала очередная местническая победа Бориса Годунова, которому дана была правая грамота. Он был «учинен многими месты больше» князя Василия Андреевича Сицкого [173]. Хоть так, но Иван Грозный с помощью своего кравчего отомстил покойному воеводе.