С. Б. Веселовский заметил, что Годуновы попадают в опричное управление на закате опричнины, когда Иван Грозный стал расправляться с теми, кто входил в его окружение раньше [146]. Предпочтение, изначально оказывавшееся царем младшему из братьев, Борису, очевидно. Объяснялось это известными обстоятельствами женитьбы Бориса Годунова на дочери Малюты Скуратова. Царю Ивану Грозному, фанатически боявшемуся боярских «измен», было удобно связать родственными узами своего постельничего и ближайшего слугу Малюту Скуратова, в преданности которого он до определенного времени не сомневался. Старший из двух братьев Годуновых, Василий, тоже был приближен царем, но, в отличие от Бориса, не успел прославиться ни громкими местническими столкновениями, ни заметными службами. Он рано умер, погибнув в моровое поветрие 1571 года [147]. Зримым свидетельством возвышения молодого Бориса Годунова, которому не исполнилось и двадцати лет, стала свадьба царя Ивана Грозного с Марфой Васильевной Собакиной в октябре 1571 года, на которой Годунов оказался «дружкой» царицы.
После возвращения из похода на Новгород летом 1570 года царь был сильно озабочен матримониальными планами, как своими собственными, так и старшего сына царевича Ивана. Овдовев во второй раз, Иван Грозный искал себе новую, третью жену, которая должна была стать последней (больше, по канонам православной церкви, царю нельзя было жениться). Поэтому к выбору царской невесты подошли с размахом. Устроили грандиозный смотр возможных невест и привезли в опричную Александрову слободу, по разным сведениям, от полутора до двух тысяч самых красивых девушек. Сначала в этом «конкурсе красоты» XVI века отобрали 24 претендентки, потом, в следующем «туре», их число сократилось до 12. В итоге царская «корона» досталась Марфе Васильевне Собакиной [148]. Говорили, что на выбор царя Ивана Грозного повлиял Малюта Скуратов. Не случайно свадебный разряд стал триумфом главного опричника и его родни. На царской свадьбе дружками царицы были записаны тесть — Малюта Скуратов и зять — Борис Годунов (причем имя Бориса стояло выше). Царицыными «свахами» стали две Марьи — мать и дочь: жены Малюты Скуратова и Бориса Годунова. Кроме родственников новой царицы только Борис Годунов и Богдан Бельский (племянник Малюты Скуратова) «в мыльне с царем мылись» [149]. Так эти молодые люди очень рано вошли в круг ближайших «любимчиков» Грозного царя.
Опричнина, благодаря которой Борис Годунов так быстро оказался в приближении у царя Ивана Грозного, вскоре была упразднена. В 1572 году царь не только запретил упоминать само это слово, но и отказался от услуг многих, ранее незаменимых опричных «гвардейцев», включая Малюту Скуратова. Скорее всего молодость спасла Бориса Годунова и это охлаждение не коснулось его самого; он продолжал служить в свите царевича Ивана Ивановича. В чине рынды «с копьем» Борис Годунов упомянут в разряде похода на Пайду в конце 1572-го — начале 1573 года; к тому времени он получал денежный оклад в 50 рублей [150]. Правда, его соперник в искании милостей Ивана Грозного Богдан Бельский значительно обогнал свойственника: он служил в рындах «с рогатиною» у царя, вскоре был пожалован в стольники, и его оклад был в пять раз больше — 250 рублей [151]. В походе на Пайду Борис Годунов должен был стать свидетелем гибели своего тестя и главного покровителя Малюты Скуратова. Это случилось на приступе 1 января 1573 года. Даже летописцы отметили смерть «ближнего царева и думнаго дворянина» [152]. Как считал С. Б. Веселовский, проницательный Малюта Скуратов, не дожидаясь казни, сам «напросился» на «верную смерть». Но могло быть и по-другому. Большинство опричников (и Борис в их числе) не обладали ратным опытом, поэтому многие быстро гибли во время серьезных военных действий [153]. На долю зятьев Малюты Скуратова (в том числе Бориса Годунова), видимо, выпала печальная забота о погребении тела покойного, завершившего свой земной путь с репутацией страшного палача и убийцы митрополита Филиппа. Малюта Скуратов был похоронен в родовом некрополе Бельских в Иосифо-Волоколамском монастыре, куда царь, а потом и сам Борис Годунов делали большие вклады [154].