Расследование дела затянулось надолго. Р. Г. Скрынников установил, что арест Романовых состоялся еще осенью, в ноябре 1600 года, и следствие продолжалось более полугода [595]. Тронуть Романовых без того, чтобы нарушить иерархию многочисленных боярских и княжеских родов, было невозможно. Тогда существовало правило, что за действия одного родственника отвечал весь род. Еще до того как случилась романовская катастрофа, у нее были грозные предвестники. Царь Борис Годунов действовал по веками проверенному принципу «разделяй и властвуй». В 1600 году Федор Никитич Романов проиграл местнический спор князю Федору Андреевичу Ноготкову-Оболенскому. Решение Годунова полностью удовлетворяло амбиции князя Федора Андреевича и ставило его «местами больше» не только Федора Никитича Романова, но и его деда — отца царицы Анастасии Романовны. А. П. Павлов, обративший внимание на этот случай, писал: «Этим самым как бы перечеркивалось правительственное значение рода Романовых, основанное на родстве с прежней династией» [596]. Следовательно, при желании царь Борис Годунов мог бы организовать преследование рода Романовых, полностью уничтожив их местническое значение и без пролития крови. Не меньше, если не больше, жаждали изгнания Романовых из Думы другие бояре, пылавшие гневом на них, «аки зверие», что и проявилось в деталях расследования дела.
За время следствия царь Борис Годунов, видимо, убедился в справедливости обвинений в умысле на его жизнь, поэтому в итоге прямым гонениям подверглись все Романовы — братья Федор, Александр, Василий, Михаил, Иван Никитичи и дочери Никиты Романовича княжна Евфимия Никитична Сицкая и княжна Марфа Никитична Черкасская со своими семьями [597]. Старшего боярина Федора Никитича заставили принять постриг и разлучили с женой Ксенией Ивановной Шестовой и детьми, сослав на Двину в Антониев-Сийский монастырь. «Виновника» общих бед Александра Никитича царь Борис Годунов «сосла к Стюденому морю к Усолью, рекомая Луда», где тот и погиб. Так же в ссылке умерли братья Михаил и Василий Никитичи, которых, по словам летописца, «удавиша» в Ныробе и Пелыме. Оставшегося брата Ивана Никитича, выдержавшего ссылку в Пелыме, сначала «моряху гладом», но потом помиловали, разрешив ему в 1602 году воссоединиться с остатками романовской семьи в их вотчине в селе Клины Юрьев-Польского уезда. Умер в ссылке на Белоозере князь Борис Канбулатович Черкасский, но его жене и детям Борис Годунов уже не мстил, и они тоже оказались в Клинах. (Все послабления Романовым и их ссыльным родственникам были сделаны царем Борисом Годуновым в начале сентября 1602 года, накануне приезда в Москву датского королевича Иоганна — жениха царевны Ксении Годуновой.) Другие близкие родственному кругу Романовых князья Сицкие, князья Шестуновы, Шереметевы, Долматовы-Карповы, которых затронуло следствие, были наказаны не так сурово ссылкой в «понизовые города» и на дальние воеводства. Из этого ряда несколько выделяется тяжелая опала князя Александра Андреевича Репнина, о чьих дружеских отношениях с боярином Федором Никитичем Романовым хорошо известно.
У Романовых были основания считать, что царь Борис Годунов этими ссылками «похотя их царское последнее сродствие известь» (как сказано в «Новом летописце»). Однако никаких прямых указов о казни погибших в ссылке братьев Александра, Василия и Михаила Никитичей никто не отдавал. Как заметил А. В. Лаврентьев, «судьба семейства Романовых не была уникальной, и во всех случаях просматривается желание Годунова вывести из политической жизни старшего в роде, обезглавив семью, но не пресекая род под корень, как во времена опричного террора» [598]. Действительно, годуновский «почерк» очень заметен. Формальный повод для последовавшей опалы на Романовых все-таки существовал. Но цель репрессий состояла не только в восстановлении справедливости, наказание преследовало еще и защиту династических интересов Бориса Годунова. А для этого были все средства хороши.