Второй Бартенев действовал по указке небезызвестного Семена Годунова, которого якобы направлял царь Борис. Но как видно из дела датского королевича Иоганна, малосимпатичные качества Семена Годунова могли быть намеренно перенесены на его царствующего родственника. Когда началось следствие, на двор к Романовым был послан окольничий Михаил Салтыков. Это, конечно, не отец будущих фаворитов начала царствования Михаила Федоровича Романова братьев Бориса и Михаила Салтыковых (они происходили из той ветви рода Салтыковых, которая состояла в родстве с женой боярина Федора Никитича и матерью Михаила). Послан был другой окольничий, Михаил Глебович Салтыков, чья служба, видимо, не будет забыта: уже в 1601 году он получит боярство. Но, как и в случае с делом царевича Дмитрия, когда главой следственной комиссии был назначен член разгромленного боярского клана князь Василий Иванович Шуйский, формально можно говорить о стремлении царя Бориса соблюсти беспристрастность расследования. Насколько известно, приезд окольничего Михаила Глебовича Салтыкова на романовский двор на Варварку и выемка им мешков с «корением» не будут поставлены ему в вину через десять лет, когда он будет действовать в одной партии с Романовыми.
Дело бояр Романовых, связанное с неким «волшебством», подлежало не царской, а духовной юрисдикции [592]. Поэтому, как и положено, следствие велось патриархом Иовом: «…и привезоша те мешки на двор к патриарху Иеву и повеле собрати всех людей и то корение из мешков повеле выкласти на стол, что будто то корение вынято у Олександра Никитича и тово довотчика Фторово поставиша ту в свидетели». Публичное разбирательство дела вызвано не только чрезвычайным поводом: подозрение падало на одну из первых боярских семей в государстве. На двор к патриарху «приведоша» всех братьев Романовых, начиная со старшего Федора Никитича, который и должен был ответить за весь род. Боярская дума приняла самое активное участие на стороне обвинения, и Романовы ничем не могли оправдаться: «Бояре же многие на них аки зверие пыхаху и кричаху. Они же им не можаху что отвещевати от такова многонародного шума». Вряд ли Федор и Александр Никитичи молчали из-за того, что не могли перекричать толпу. Для них, очевидцев и участников многих опальных дел, видимо, не оставалось сомнений, что пришел их черед.
За полвека доминирования в Боярской думе род Романовых имел устойчивые позиции, обеспеченные их родством с первой женой царя Ивана Грозного Анастасией Романовной. Ее брат и царский шурин Никита Романович при других обстоятельствах мог быть таким же правителем, как и Борис Годунов. Первенствующее положение в Думе Никиты Романовича было неоспоримо, что и подтвердилось его включением в регентский совет после смерти Ивана Грозного. Сыновей Никиты Романовича, Федора, Александра, Василия, Михаила и Ивана, в Москве любили как наследников заслуженного рода и детей известного боярина, оставившего по себе память даже в исторических песнях. У Бориса Годунова, как мы помним, был «завещательный союз дружбы» с Никитой Романовичем, умершим в самом начале царствования Федора Ивановича, и Борис, пока был правителем Московского государства, выполнял условия этого завещания. Федор Никитич Романов был пожалован боярством еще при жизни отца и заседал в Думе с 1585 года [593]. Александр Никитич попал в Боярскую думу сразу же по воцарении Бориса Годунова. Теперь же царь отказывался от «завещательного союза» и обрушивал свой гнев даже не на одних старших братьев Романовых, с которыми он при послушной Думе мог справиться и раньше, а на весь романовский род вместе с ближайшими родственниками.
«Новый летописец» рассказывал о начавшемся следствии: «Федора же Никитича з братьею подаваша за приставы и повелеша их крепити; сродников же их: князь Федора Шерстунова и Сицких молодых и Карповых роздаша за приставы ж. По князя Ивана же Васильевича Сицкова послаша в Острохань и повелеша его привести и с княгинею и з сыном к Москве сковав. Людей же их, кои за них стояху, поимаша. Федора ж Никитича з братьею и с племянником, со князь Иваном Борисовичем Черкаским, приводиша их не одиново к пытке. Людей же, раб и рабынь, пытаху розными пытками и научаху, чтоб они что на государей своих молвили. Они же отнюдь не помышляюще зла ничего и помираху многие на пытках, государей своих не оклеветаху. Царь же Борис, видя их неповинную крове, державше их на Москве за приставы многое время; и, умысля на конешное их житие, с Москвы посылаше по городом и монастырем» [594]. Как видно, следствие затронуло весь разветвленный клан Романовых, в том числе и их родственников по женской линии — князей Сицких, Черкасских и других. Доказательств, кроме «корениев», никаких получено не было, но и их было достаточно, так как это прямо нарушало крестоцеловальную запись Борису Годунову.