Пушкин, воспроизводя схему событий по Н. М. Карамзину, невольно оказался в том же заданном сюжетном тупике, что и «последний летописец». Казалось бы, «Иуда Битяговский» хоть теоретически мог явиться исполнителем воли «коварного Бориса», который как первый боярин ведал назначением всех служилых людей, в том числе и Битяговского, служившего до Углича помощником воеводы^ в Казани. Но причём здесь все остальные «злодеи», которые «под топором» сделали страшное признание. Все они к Борису Годунову никакого отношения не имели, и если и слышали о нём, то вряд ли когда близко видели. Но законы художественного жанра в данном случае одержали верх над документальной основой. Следует присовокупить ещё, что мамка Василиса Волохова, та самая «безбожная предательница-мамка», была следственной комиссией Шуйского полностью оправдана. Она служила постельницей ещё при Иоанне Грозном, а после его кончины последовала за его вдовой Марией Нагой в Углич, где выдала свою дочь за племянника Битяговского Никиту Качалова. Убийство её зятя Никиты и сына Осипа, дружки детских игр Цесаревича, — всего лишь безумный акт человеческой злобы. Однако вернёмся к Пимену и «чернецу Григорию».
Пимен чувствует, что подходит жизнь к земному пределу, а труд его завершается: «Ещё одно последнее сказанье — и летопись окончена моя, исполнен долг, завещанный от Бога ». Он хочет передать потомкам то, что видел, слышал и знал о днях минувших, и надеется, что «брат Григорий» продолжит его занятия. «Тебе свой труд передаю», — закончил седовласый старец. Сцена как раз и завершается патетическим монологом будущего самозванца, который совершенно не собирается становиться тихим и неприметным летописцем; он мечтает о том, чтобы сделаться орудием мести Божией.
Следующая краткая, шестая сцена происходит в палатах Патриарха и сводится к диалогу игумена Чудова монастыря и Патриарха. Здесь приводятся те туманные сведения об истинном происхождении самозванца, которые были весьма туманными и для Карамзина, но таковыми остаются они и поныне.
Действие разворачивается тогда, когда слух о Лжедмитрии уже достиг Москвы и стал темой пересудов. Игумен сообщает подробности биографии «сосуда дьявольского» — Гришки Отрепьева, который возгласил, что «будет Царём на Москве». Игумен привел те данные, которые были на тот момент добыты, ставшие основой биографии Лжедмитрия в изложении Карамзина. Имя игумена Пушкиным не названо, но, очевидно, это был Пафнутий, который должен был прекрасно знать Отрепьева. Пафнутий потом принимал активное участие в событиях Смуты и был сторонником Романовых.
Игумен сообщал, что Григорий был из рода Отрепьевых, в миру звали Юрием, или Юшкой, из Галича, «смолоду постригся неведомо где», жил в Суздале в Спасо-Евфимиевском монастыре, оттуда ушел, «шатался по разным монастырям», наконец, прибился к «моей чудовской братии», а я «отдал его под начал отцу Пимену». Он «весьма грамотен: читал наши летописи, сочинял каноны святым». А теперь он «убежал». Этот момент является как бы той камертоновой точкой, когда начинается моральное противостояние между тенью Царевича Димитрия и Царём Борисом Годуновым.
Борис Годунов представлен в драме в последние период своего правления; на то указывает особая ремарка из седьмой сцены. «Шестой год я царствую спокойно», — говорит о себе Царь Борис. Он добился всего, о чём можно было мечтать, и даже более, но душа его была неспокойна, счастье на земле он не обрёл. Обычно когда пишут о Борисе Годунове, то говорят о «трагедии совести». Подобная светская трактовка не совсем точна.
Совесть — голос Правды, голос Божий в душе человеческой. Замечательно об этот написал Отец Церкви святой Иоанн Златоуст (ок. 347–407). «Нет между людьми ни одного судьи, столь неусыпного, как наша совесть. Внешние судьи и деньгами подкупаются, и лестью смягчаются, и от страха потворствуют, и много есть других вещей, которые извращают правоту их суда. Но судилище совести ничему такому не подчиняется... И это делает совесть не однажды, не дважды, но многократно и во всю жизнь, и хотя прошло много времени, она никогда не забывает сделанного, но сильно обличает нас и при совершении греха, и до совершения, и по совершении.
Нет никаких указаний на то, что А. С. Пушкин когда-нибудь читал творения Иоанна Златоуста, но его понимание принципиально не отличается от формулы великого Подвижника Христианства. Совесть — это моральный суд человека за грехи свершённые или только за их помыслы.