Дневниковая запись раскрывает подлинные причины гонений на братьев царя Федора. Тяжелая и продолжительная болезнь Годунова подала Романовым надежду на то, что они вскоре смогут вновь вступить в борьбу за обладание короной. Малолетний наследник Бориса имел совсем мало шансов удержать трон после смерти отца. Новая династия не укоренилась, и у больного царя оставалось единственное средство ее спасения. Он постарался избавиться от претендентов на корону и отдал приказ о штурме романовского подворья.
Борису удалось потушить мгновенно вспыхнувший конфликт и стабилизировать политическую "обстановку в стране.
Во внешних делах Годунов стремился достичь длительной мирной передышки и раздвинуть восточные пределы государства. Сибирский хан Кучум понес несколько поражений от царских воевод, после чего откочевал с Иртыша в Барабинские степи. В 1598 году воеводы вновь построенного Тарского городка отправились по следам Кучума в глубь степи и подвергли разгрому его становшца. Семья хана и множество его слуг попали в плен и были отосланы в Москву. Сибирское ханство перестало существовать. Ничто не препятствовало быстрому продвижению воевод на восток. С Иртыша и Оби русские сделали решительный шаг к устью Енисея. Отряды, посланные «проведать» Мангазенскую землю, привели в покорность местные племена и в 1600 году прислали в Москву первый мапгазейский ясак.
Царь Борис старался поддерживать мирные отношения с Крымом и Турцией и искал мирного урегулирования дел с Речью Посполптой. Спор из-за Ливонии обострил противоречия между поляками и шведами и окончательно устранил возможность восстановления мощной антирусской коалиции. В 1601 году Россия заключила 20-летнее перемирие с Речью Посполптой.
Сознавая, сколь необходимы России тесные хозяйственные и культурные связи с Западной Европой, Годунов деятельно хлопотал о расширении западной торговли. С помощью ганзейского города Любека он надеялся наладить морские сообщения через Ивангород – русский город на реке Нарове. Однако Швеция, располагавшая первоклассным флотом, разрушила эти замыслы. Ссылаясь на условия Тявзинского договора, шведы блокировали Ивангород с моря.
Ради поощрения торговли с Западом Борис осыпал щедрыми милостями немецких купцов, некогда переселенных на Русь из завоеванных ливонских городов. Они получили от казны большие ссуды и разрешение свободно передвигаться как внутри страны, так и за ее пределами. Ливонцы должны были принести присягу на верность царю, и в дальнейшем их использовали не только в торговых, но и в политических целях. Для жителей Немецкой слободы снова открылась кирха в Кукуе.
Борис проявлял живой интерес к просвещению и культуре, к успехам западной цивилизации. При нем иноземцев в Москве было больше, чем когда-нибудь прежде. Борис любил общество иноземных медиков, обосновавшихся при дворе, и подолгу расспрашивал их о европейских порядках и обычаях. Новый царь зашел столь далеко в нарушении традиций, что сформировал из наемников-немцев отряд телохранителей.
Годунов первым из русских правителей отважился послать нескольких дворянских «робят» за границу «для науки разных языков и (обучения) грамоте». При нем власти проявляли заботу о распространении книгопечатания, вследствие чего во многих городах были открыты типографии. Борис вынашивал планы учреждения в России школ и даже университета по европейским образцам.
Годунов проявлял исключительную заботу о благоустройстве столицы, строительстве и укреплении пограничных городов. При нем в жизнь Москвы вошли неслыханные ранее технические новшества. Русские мастера соорудили в Кремле водопроводе мощным насосом, благодаря которому вода из Москвы-реки поднималась «великой мудростью» по подземелью на Конюшенный двор. Заимствовав псковский опыт, Борис устроил первые в столице богадельни. В Кремле, подле Архангельского собора, он приказал выстроить обширные палаты для военных приказных ведомств, в Китай-городе, на месте сгоревших торговых рядов,- каменные лавки. Мастера заменили старый, обветшавший мост через Неглинную новым, широким, по краям которого располагались торговые помещения. На Красной площади выросло каменное Лобное место с резными украшениями и решетчатой дверью.
Строительство превратилось в подлинную страсть Годунова. По его приказу мастера надстроили столп колокольни Ивана Великого и приступили к возведению грандиозного собора «Святая святых», призванного украсить центральную площадь Кремля. Модель собора была готова, и строительные материалы свезены на площадь. Смерть Бориса, однако, помешала осуществлению его замысла.