Царь подверг подлинному разгрому романовскую партию в Боярской думе. Первым пострадал боярин князь Федор Шесту нов, чей слуга донес властям на его злоумышления. Царь щедро наградил доносчика, но не стал наказывать престарелого боярина. Шестунов умер под домашним арестом своею смертью до опалы Романовых. Если бы он кончил жизнь в тюрьме или изгнании, Борису непременно приписали бы еще одно убийство.
Зять Федора Никитича, боярин князь Борис Черкасский, попал в тюрьму на Белоозеро. Он давно болел и умер в тюрьме довольно скоро. Другой зять Романовых, князь Иван Сицкий, угодил в монастырь. Опале подверглись князь Александр Репнин и дворяне Карповы.
После воцарения Романовых летописцы не пожалели красок, чтобы расписать злодейства Годунова и представить членов опальной семьи в ореоле мученичества. Из летописей драматические эпизоды перекочевали и на страницы исторических и литературных произведений. Один из героев трагедии А. С. Пушкина «Борис Годунов» осудил весь режим и образ правления Годунова словами:
…Он прашгг илми,
Как царь Иван (не к ночи будь помянут).
Что пользы в том, что явных казней нет…
Уверены ль мы в бедной жизни нашей?
Нас каждый день опали ожидает,
Тюрьма, Сибирь, клобук иль кандалы,
А там – в глуши голодна смерть иль петля.
В действительности методы управления Годунова мало напоминали методы управления царя Ивана. Даже в самые критические моменты Борис не прибегал к погромам, резне и кровопролитию, а его опалы отличались кратковременностью. Судьба Романовых может служить тому примером. Через несколько месяцев после суда Борис распорядился смягчить режим заключения опальных, вернул из ссылки Ивана Романова и нарядил следствие по поводу жестокого обращения приставов с больным Василием Романовым. Детям Федора Никитича и вдове Александра Никитича разрешили покинуть бело-зерскую ссылку и уехать в одну из родовых вотчин. Князья Иван Черкасский и Сицкие получили полное прощение и вернулись на службу. Филарета Романова царь велел содержать в Антониев-Сийском монастыре так, чтобы ему «не было нужи».
Бориса всегда подозревали в коварстве. Вступив на трон, он осыпал милостями своих наиболее опасных соперников. Александр Романов получил боярский чин, Михаил Романов и Богдан Вельский стали окольничими. Не хотел ли он усыпить подозрения врагов, чтобы затем обрушить на их головы нежданную царскую месть? Сколь бы правдоподобными ни казались такие предположения, они все же не согласуются с фактами. До сих пор от внимания исследователей ускользало обстоятельство, оказавшее заметное влияние на ход политической борьбы в годы царствования Годунова. Это обстоятельство – физическое состояние Бориса. Еще до коронации Бориса за рубеж стали поступать сведения о его тяжелой болезни. Один современник Годунова заметил, что тот царствовал шесть лет, «не царствуя, но всегда болезнуя». Врачи оказались бессильны исцелить его недуг, и царь искал спасения в молитвах и богомольях. В конце 1599 года он не смог своевременно выехать на богомолье в Троицу, и его сын собственноручным письмом известил монахов,, что причина задержки та, что батюшка его «недомогает». К осени 1600 года здоровье Бориса резко ухудшилось. Один из членов польского посольства, составивший рифмованное повествование о путешествии в Москву, замечает, что властям не удалось утаить от всех болезнь царя и в городе по этому поводу поднялась большая тревога. После обсуждения дела в Боярской думе Бориса по его собственному распоряжению отнесли на носилках из дворца в церковь и показали народу, что он еще жив.
Слухи о близкой кончине Годунова искусственно возродили обстановку династического кризиса. Подготовляя почву для переворота, оппозиция распространяла в России и за рубежом слухи о болезненности и слабоумии наследника престола царевича Федора. Находившиеся в Москве польские послы утверждали, будто у Годунова очень много недоброжелателей среди подданных, число строгостей против них растет день от дня, но строгости не спасают положения. «Не приходится сомневаться,- писали поляки,- что в любой день там должен быть мятеж».
Становится понятным, почему в такой обстановке правительство высказало крайнюю тревогу по поводу действий Вельского и Романовых. Первый открыто добивался популярности в армии, вторые собрали в столице многочисленную вооруженную свиту. Польские послы потратили немало усилий на то, чтобы установить причины опалы Романовых. Собранная ими информация особенно интересна потому, что она исходила от московитов, симпатизировавших родне царя Федора. «Нам удалось узнать,- читаем в польском дневнике,- что нынешний великий князь (Борис-Р. С.) насильно вторгся в царство и отнял его от кровных родственников умершего великого князя Никитичей-Романовичей, Названные Никитичи-Романовичи усилились и, возможно, снова предполагали заполучить правление в свои руки, что и было справедливо, и при них было достаточно людей, но той ночью великий князь (Борис) на них напал».