Во второй половине XIX века служил в церкви Николы в Толмачах дьякон Федор Алексеевич Соловьев – будущий старец Алексий Зосимовский. Он отличался скромностью, отзывчивостью, почтительным отношением к старшим, благоговейным служением и великолепным бархатным голосом. Прихожане очень любили своего дьякона. В 1872 году скончалась его горячо любимая жена. Это стало страшным ударом для отца Федора, иногда он запирался у себя в комнате и безутешно плакал. На помощь пришел настоятель храма отец Василий. Он нагрузил Федора Алексеевича работой в журнале «Душеполезное чтение», издававшемся при храме. Дьякон написал краткую историю церкви и другие литературные труды. И работа действительно спасла его от скорби. Отец Федор всегда приходил в храм самым первым, а уходил последним, не забывая помолиться перед каждой иконой и проследить, все ли в порядке.
Он имел обыкновение, здороваясь со знакомыми, снимать шапку. Но так как почти весь приход он знал лично, то практически всегда ходил с непокрытой головой. Историограф церкви О.С. Четверухина заметила: «Одна старушка, которая тогда была еще десятилетней девочкой, впоследствии вспоминала, что особенно любила с ним встречаться, т. к. отец дьякон «уж очень хорошо здоровается»[145]. После ранней обедни Федор Алексеевич обычно раздавал милостыню, которая в день получения им жалованья была особенно щедрой. Ему даже выдавали деньги по частям, чтобы он не раздавал все сразу. Дьякон с охотой помогал всем нищим в округе, часто приглашал их к себе домой на обед. Однажды, не имея с собой денег, он отдал дрожащему от холода нищему свою рясу. Все, что с ним случалось, он принимал с величайшим смирением. Именно на таких ревностных священнослужителях и держался приход церкви Николы в Толмачах в те времена. В 1895 году отец Федор был рукоположен во пресвитера Успенского собора Московского Кремля – главного собора России. Через три года он был пострижен в иеромонахи с именем Алексий. Сейчас он известен всем как преподобный Алексий Зосимовский – один из самых славных и почитаемых старцев ХХ века.
В 1910 году произошло последнее обновление храма. После революции 1917 года люди перестали ходить в церковь. Молодой священник Илья Николаевич Четверухин, друг отца П.А. Флоренского и духовное чадо старца Алексия, приложил все усилия, чтобы сохранить церковь Николы в Толмачах. В 1922 году из храма было изъято более девяти пудов золотых и серебряных изделий. Отец Илья был прекрасным рисовальщиком и любителем живописи и, так как нужно было чем-то зарабатывать на жизнь, устроился научным сотрудником в Третьяковскую галерею. Вскоре его попросили выбрать между Третьяковкой и храмом. Конечно, он выбрал служение Богу. Начались тяжелые времена. Вот как описывает жизнь отца Ильи в те годы О.С. Четверухина: «Отец Илья совершал службы в искрящемся от инея храме, чудом находилось вино для причастия и мука для просфор, не хватало на самые насущные нужды: у детей, да и у матушки не было обуви, одежда перешивалась из всякого старья. Семья ложилась спать, не зная, чем они будут питаться завтра, по принципу «будет день, будет пища»[146].
Несмотря на все трудности, священник с усердием продолжал начатое дело. Немногочисленные прихожане любили проповеди отца Ильи, посвященные любви к Богу и ближним. Постепенно вокруг него сложилась община глубоко верующих и знающих Священное Писание прихожан, а храм Николы в Толмачах стали называть «Толмачевской академией». На Пасху 1929 года церковь была закрыта. Сотрудники Третьяковской галереи потребовали отдать им здание храма под хранилище. Священник и прихожане сделали все, чтобы отстоять храм, но их усилия оказались тщетными. Приход во второй раз в истории приписали к церкви Святителя Григория Неокесарийского на Полянке. В 1930 году отец Илья был арестован за «контрреволюционную агитацию и подготовку к восстанию» и через два года погиб во время пожара в лагерном клубе в поселке Красная Вишера.
В 1931 году началась перестройка церкви под хранилище Третьяковской галереи. Главы были сняты, верхние ярусы колокольни разобраны, внутреннее пространство разделено на этажи. Храм лишился иконостасов и ограды XIX века. Сложно сказать, повезло ли церкви Николы в Толмачах, что ее передали Третьяковке. По крайней мере, здание не разрушили полностью. Когда началась масштабная реконструкция галереи, планировалось в Никольской церкви устроить концертный зал. К 1990 году были восстановлены главы и колокольня. К счастью, никаких концертов в храме не проводилось. В 1993 году приняли неожиданное решение сделать церковь домовой при Третьяковской галерее. Службы в храме возобновились 8 сентября 1996 года, в праздник Владимирской иконы Богоматери. Патриарх Алексий II освятил главный престол Сошествия Святого Духа. Именно тогда произошло знаменательное событие: впервые в церковь Николы в Толмачах была принесена знаменитая чудотворная икона Владимирской Божией Матери – хранительница и заступница земли Русской.