В 1833 году старая колокольня немного наклонилась, а по стенам церкви пошли трещины. Храму потребовалась перестройка. Колокольня и трапезная были разобраны, и на их месте возведены в формах московского ампира новые по проекту архитектора Ф.М. Шестакова. В трапезной было устроено два симметричных придела. Западный фасад выступил за красную линию, из-за чего усилилось доминирующее положение храма в застройке переулка. Внутри трапезная была отделана искусственным мрамором, который прекрасно сочетался с золочеными резными иконостасами и лепными карнизами. Настенная живопись тогда полностью отсутствовала. В церкви по-прежнему было три престола: главный Сошествия Святого Духа и два придельных – Святителя Николая и Покровский. На освящении Никольского придела присутствовал митрополит Московский Филарет, который произнес знаменитую проповедь «О пребывании благодати Божией в Церкви Христовой неотступно до скончания века»: «Провидение так управляет ходом происшествий, что и земные учреждения споспешествуют миру или безопасности Церкви… Церковь сама есть многолюдство верующих, но в пустыню наипаче внутреннюю, – все далее от мира, все ближе к Богу, ибо свое место для Церкви есть близость к Богу и соединение с Ним. А сие и значит то, что благодать Божия не отъемлется от Церкви и в самые опасные времена должна пребыть с нею неразлучна, даже до скончания века»[143].
Вскоре проявились недостатки искусственного мрамора, и в течение нескольких лет приходилось заниматься его вычинкой. В 1839 году забелили своды, а позже их покрыли живописью. Перестройка храма по проекту 1833 года завершилась лишь в 1858 году, когда в главном храме Сошествия Святого Духа растесали окна и двери, разобрали алтарь XVII века и на его фундаменте возвели новые апсиды с более высокими сводами. Стены и купол церкви были заново расписаны, и установлен новый пятиярусный золоченый иконостас – точная копия предыдущего. Особенно прихожанам нравилась роспись западной стены – сцена изгнания торговцев из храма. Спаситель имел настолько скорбный и грозный вид, что всякий, находящийся в храме, и помыслить не мог вести себя непристойно. Новая стройная трехъярусная колокольня, возвышаясь над низенькими домами, сделалась одной из архитектурных доминант Замоскворечья, наряду с «большой московской свечой» и церковью Климента, папы римского.
В середине XIX века в приходе церкви Николы в Толмачах жили известные и богатые купцы: Булочкины, Козлинины, Медынцевы, Страховы, Чижовы, Шестовы. Благодаря их пожертвованиям храм непрерывно богател, ризница пополнялась дорогой утварью, драгоценными окладами и красивыми облачениями. В 1851 году прихожанином церкви стал П.М. Третьяков, семья которого купила усадьбу в Лаврушинском переулке. Третьяковы были очень религиозными людьми. Они не только ходили в церковь, но и стали главными жертвователями. До самой смерти Павел Михайлович прожил в своем доме и ходил в храм Николы в Толмачах. Он сделал специальную калитку, через которую можно было пройти в церковь прямо из усадьбы. Третьяковы были связаны с Николаем Чудотворцем: дед Павла Михайловича жил когда-то в приходе храма Святителя Николая в Голутвине. В семье была традиция собираться вместе в день Николы зимнего и поминать добрым словом всех умерших родственников.
В 1860-х годах вновь пришлось чинить искусственный мрамор, обновлять живопись, ремонтировать фасады, менять полы в главной церкви. Семья Третьяковых неизменно во всем помогала своему храму. Прекрасные слова о Павле Михайловиче сказал старец Смоленской Зосимовой пустыни, преподобный Алексий: «Мне пришлось долгое время служить в Николо-Толмачевском приходе, куда ходил Павел Михайлович Третьяков. В моем сознании при воспоминании о нем встает образ человека, служившего примером трезвенной, сосредоточенной, воздержанной жизни, исполненной благой энергии и трудов, и, главное, образ человека, сочетавшего владение богатством внешним – материальным – с нищетой духовной. Это проявлялось в его смиренной молитве. Он обычно становился перед местной иконой преподобного Алексия, человека Божия… Ни разговоров, ни озираний вокруг никогда не допускал он себе, вошедши в храм и углубившись в великое дело молитвы. Никаких послаблений и облегчений неподвижного предстояния не позволял он себе, как бы долго ни длилась служба…»[144] Теперь место, где молился Третьяков, отмечено мемориальной доской.