На Пасху 1918 года великая княгиня была арестована и выслана в Екатеринбург. До этого в 1917 году в Москву по поручению германского императора приезжал шведский министр и просил Елизавету Федоровну уехать на родину в Дармштадт. Но великая княгиня отказалась. Она не хотела бросать свою обитель, Москву и всю Россию в столь тяжелое время и была готова к самому страшному. В Екатеринбурге она так и не встретилась с семьей своей сестры и императора Николая II. Патриарх Тихон при помощи церковных структур несколько раз пытался освободить Елизавету Федоровну, но безрезультатно. В мае 1918 года она вместе с великим князем Сергеем Михайловичем, князьями Иоанном Константиновичем, Константином Константиновичем, Игорем Константиновичем, Владимиром Павловичем Палеем, Федором Семеновичем Ремезом – управляющим делами великого князя – и сестрой Марфо-Мариинской обители Варварой Яковлевой была помещена в Напольной школе на окраине города Алапаевск.
В ночь на 18 июля все пленники были вывезены в район шахты «Нижняя Селимская» в двенадцати верстах от Алапаевска. Палачи убили великого князя Сергея Михайловича, а остальным узникам завязали глаза и сбросили в шахту глубиной почти шестьдесят метров. Последними словами великой княгиней были: «Отче, отпусти им, не ведают бо, что творят!» Эти же евангельские строки после убийства мужа она попросила выбить на памятнике на месте его смерти. Затем в шахту кинули гранату, которая не взорвалась, а после забросали ее камнями и мусором.
Трупы Елизаветы Федоровны и Иоанна Константиновича были найдены на выступе шахты на глубине пятнадцати метров. Расследование показало, что они умерли не сразу: великая княгиня сделала князю перевязку частью своего апостольника. Проезжавшие мимо крестьяне слышали, как целый день из шахты доносилось церковное песнопение «Спаси, Господи, люди Твоя, и благослови достояние Твое». В сентябре 1918 года, когда Алапаевск заняла армия А.В. Колчака, тела узников извлекли из шахты. Пальцы правых рук Елизаветы Федоровны, инокини Варвары и князя Иоанна Константиновича были сложены для крестного знамения.
В 1920 году останки алапаевских жертв были доставлены сначала в Читу, а затем в Пекин. Останки Елизаветы Федоровны и инокини Варвары перевезли в Иерусалим и погребли под церковью Марии Магдалины русского женского Гефсиманского скита. Великая княгиня побывала в ските еще в 1889 году со своим мужем во время закладки соборного камня церкви. После смерти мужа Елизавета Федоровна унаследовала председательство в Православном Палестинском обществе – организации, содействующей паломничеству на Святую землю. Лишь множество дел в обители и помощь страждущим помешали ей самой осуществить паломничество в Иерусалим. Но после смерти она нашла вечный покой именно на Святой земле, которую так любила в земной жизни.
В 1990 году во дворе обители патриарх Алексей II освятил памятник основательнице с надписью «Великой княгине Елизавете Федоровне с покаянием». Памятник выполнен скульптором В.М. Клыковым. Елизавета Федоровна и инокиня Варвара канонизированы Русской православной церковью в 1992 году в лике преподобномучениц. Русская православная церковь за границей прославила всех алапаевских мучеников. В том же году архитектурный комплекс Марфо-Мариинской обители был передан Московской патриархии.
Алексий II возглавил попечительский совет по восстановлению обители. До 2009 года планировалось вести реставрационные работы, чтобы столетний юбилей обитель встретила в новом старом облике. Не получилось. Реставрация продолжается до сих пор. Хотя 15 сентября 2008 года прошла официальная церемония открытия Марфо-Мариинской обители милосердия после реставрации. На ней мэр Москвы Юрий Лужков сказал, что
Марфо-Мариинская обитель. Современная фотография
Сегодня Марфо-Мариинская обитель живет по уставу, установленному еще Елизаветой Федоровной. Сестры обучаются в медицинском колледже Свято-Димитриевского училища, работают в больницах, госпиталях, НИИ скорой помощи имени Н.В. Склифосовского, занимаются другим полезным трудом. При обители действуют приют для сирот, благотворительная столовая, патронажная служба, медицинский центр «Милосердие», Елизаветинская гимназия и культурно-просветительный центр. По всей России, а также в Украине и Белоруссии работают отделения Марфо-Мариинской обители.